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万見
- PDB-3d3u: Crystal structure of 4-hydroxybutyrate CoA-transferase (abfT-2) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3u
タイトルCrystal structure of 4-hydroxybutyrate CoA-transferase (abfT-2) from Porphyromonas gingivalis. Northeast Structural Genomics Consortium target PgR26
要素4-hydroxybutyrate CoA-transferase
キーワードTRANSFERASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate metabolic process, methylcitrate cycle / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybutyrate coenzyme like domains / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Transcription Regulator spoIIAA ...4-hydroxybutyrate coenzyme like domains / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Transcription Regulator spoIIAA / NagB/RpiA transferase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxybutyrate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Zhang, X.-Z. / Price II, W.N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Zhang, X.-Z. / Price II, W.N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 4-hydroxybutyrate CoA-transferase (abfT-2) from Porphyromonas gingivalis.
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Zhang, X.-Z. / Price II, W.N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / ...著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Zhang, X.-Z. / Price II, W.N. / Hussain, M. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Conover, K. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybutyrate CoA-transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8371
ポリマ－48,8371
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.684, 87.279, 93.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxybutyrate CoA-transferase


分子量: 48836.629 Da / 分子数: 1 / 変異: I192G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: abfT-2, PG_1956 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7MTJ6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM Acetyl-CoA. Reservoir solution: 200 mM Ammonium citrate pH 5.0, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.35 Å / Num. all: 21251 / Num. obs: 21251 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 12.43
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 34.071 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Program CNS 1.2 has also been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25967 505 4.8 %RANDOM
Rwork0.19863 ---
obs0.20172 10089 100 %-
all-21251 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20 Å20 Å2
2---1.98 Å20 Å2
3---0.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3018 0 0 20 3038
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0223077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8061.9484157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9755382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74523.688141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.2215534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7661524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2990.21633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.350.22105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.340.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2191.51973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07523104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57531229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5994.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 34 -
Rwork0.234 648 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3542 Å / Origin y: 5.1715 Å / Origin z: 15.1827 Å
111213212223313233
T-0.0329 Å20.0121 Å20.0016 Å2-0.0237 Å2-0.0304 Å2---0.0019 Å2
L0.6884 °20.3462 °2-0.1697 °2-1.3709 °2-1.1791 °2--1.4346 °2
S-0.0297 Å °0.0584 Å °-0.1483 Å °-0.081 Å °0.0072 Å °-0.0954 Å °0.1341 Å °-0.0506 Å °0.0225 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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