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- PDB-3d3m: The Crystal Structure of the C-terminal region of Death Associate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3m
タイトルThe Crystal Structure of the C-terminal region of Death Associated Protein 5(DAP5)
要素Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
キーワードTRANSLATION / HEAT repeat domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Acetylation / Initiation factor / Phosphoprotein / Protein biosynthesis / Repressor / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule biosynthetic process / cell death / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / regulation of translational initiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of axon extension / translation initiation factor activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of translation ...macromolecule biosynthetic process / cell death / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / regulation of translational initiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of axon extension / translation initiation factor activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of translation / adherens junction / translational initiation / ISG15 antiviral mechanism / heart development / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / axon / mRNA binding / RNA binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dym, O. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the C-terminal DAP5/p97 domain sheds light on the molecular basis for its processing by caspase cleavage.
著者: Liberman, N. / Dym, O. / Unger, T. / Albeck, S. / Peleg, Y. / Jacobovitch, Y. / Branzburg, A. / Eisenstein, M. / Marash, L. / Kimchi, A.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3152
ポリマ－39,3152
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6581
ポリマ－19,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6581
ポリマ－19,6581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.059, 45.734, 63.357
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 / Death-associated protein 5 / DAP-5 / eIF-4-gamma 2 / eIF-4G 2 / eIF4G 2 / p97


分子量: 19657.566 Da / 分子数: 2 / 断片: C terminal Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4G2, DAP5, OK/SW-cl.75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P78344
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: 100mM MMT (D,L Maleic acid, MES and Tris) pH=6, and 20% PEG 1,500, Microbatch under oil, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97873, 0.91840
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978731
20.91841
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 27035 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 47.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2682 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.776 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1357 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.214 27016 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.001 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å2-0.35 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 0 65 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0222720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1521.9633677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9715314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.83625.781128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.24115510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.204152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4321.51595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46522591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.93931125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.124.51086
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 96 -
Rwork0.247 1867 -
all-1963 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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