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- PDB-3d3l: The 2.6 A crystal structure of the lipoxygenase domain of human a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3l
タイトルThe 2.6 A crystal structure of the lipoxygenase domain of human arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
要素Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALOX12 / IRON-BINDING PROTEIN / ARACHIDONATE 12-LIPOXYGENASE / 12-LOX / PLATELET-TYPE LIPOXYGENASE 12 / OXYGENASE / ARACHIDONATE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Cytoplasm / Dioxygenase / Leukotriene biosynthesis / Metal-binding / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


unsaturated fatty acid metabolic process / hepoxilin-epoxide hydrolase activity / leukotriene A4 metabolic process / lipoxin B4 biosynthetic process / Synthesis of Hepoxilins (HX) and Trioxilins (TrX) / Biosynthesis of DPAn-6 SPMs / 加水分解酵素; エーテル・チオエーテル加水分解酵素; エーテル加水分解酵素 / arachidonate 12-lipoxygenase / lipoxin A4 biosynthetic process / Biosynthesis of DHA-derived SPMs ...unsaturated fatty acid metabolic process / hepoxilin-epoxide hydrolase activity / leukotriene A4 metabolic process / lipoxin B4 biosynthetic process / Synthesis of Hepoxilins (HX) and Trioxilins (TrX) / Biosynthesis of DPAn-6 SPMs / 加水分解酵素; エーテル・チオエーテル加水分解酵素; エーテル加水分解酵素 / arachidonate 12-lipoxygenase / lipoxin A4 biosynthetic process / Biosynthesis of DHA-derived SPMs / Biosynthesis of DPAn-3-derived maresins / arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / arachidonate 12(S)-lipoxygenase activity / Synthesis of 12-eicosatetraenoic acid derivatives / linoleate 13S-lipoxygenase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / lipoxygenase pathway / arachidonate metabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of muscle cell apoptotic process / lipid oxidation / linoleic acid metabolic process / negative regulation of platelet aggregation / superoxide anion generation / fatty acid oxidation / establishment of skin barrier / lipid metabolic process / sarcolemma / iron ion binding / extracellular exosome / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase ...Lipoxygenase, vertebrates, PLAT domain / Lipoxygenase, mammalian / Lipoxygenase-1; domain 5 / Lipoxygenase-1; Domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #60 / Lipoxygenase, conserved site / Lipoxygenases iron-binding region signature 2. / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polyunsaturated fatty acid lipoxygenase ALOX12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, M.D. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Olesen, K. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Welin, M. / Weigelt, J. / Wikstrom, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the lipoxygenase domain of human Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type.
著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, ...著者: Tresaugues, L. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Herman, M.D. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Olesen, K. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Welin, M. / Weigelt, J. / Wikstrom, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / struct ...database_2 / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
B: Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4324
ポリマ－122,3202
非ポリマー1122
水1,910106
1
A: Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2162
ポリマ－61,1601
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2162
ポリマ－61,1601
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.590, 70.153, 77.868
Angle α, β, γ (deg.)65.37, 88.01, 69.82
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Arachidonate 12-lipoxygenase, 12S-type / 12-LOX / Platelet-type lipoxygenase 12


分子量: 61160.129 Da / 分子数: 2 / 断片: Lipoxygenase domain: Residues 172-663 / 変異: I663S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALOX12, LOG12 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P18054, arachidonate 12-lipoxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.0M LiCl2, 0.1M Citric acid pH 4.0, 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月30日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.193 Å / Num. all: 32115 / Num. obs: 31408 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4642 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LOX

1lox


解像度: 2.6→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 12.492 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.267 / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2757 1628 5.1 %RANDOM
Rwork0.20625 ---
obs0.20976 30444 97.83 %-
all-31119 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.945 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20.02 Å2-0.06 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.359 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7160 0 2 106 7268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3091.96610009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968312240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6855890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86624.116328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.592151232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1891542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.25314
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.23575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0790.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3650.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5311.55817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0631.51768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6227288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90733323
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3834.52721
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 141 -
Rwork0.305 2199 -
obs--97.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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