[日本語] English
万見
- PDB-3d36: How to Switch Off a Histidine Kinase: Crystal Structure of Geobac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d36
タイトルHow to Switch Off a Histidine Kinase: Crystal Structure of Geobacillus stearothermophilus KinB with the Inhibitor Sda
要素(Sporulation kinase ...) x 2
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / GHKL ATPase / Four Helix Bundle / Class I Two-Component Histidine Kinase / Kinase / Phosphoprotein / Transferase / Two-component regulatory system / Transferase-Transferase inhibitor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Sporulation inhibitor A / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Bick, M.J. / Lamour, V. / Rajashankar, K.R. / Gordiyenko, Y. / Robinson, C.V. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: How to switch off a histidine kinase: crystal structure of Geobacillus stearothermophilus KinB with the inhibitor Sda
著者: Bick, M.J. / Lamour, V. / Rajashankar, K.R. / Gordiyenko, Y. / Robinson, C.V. / Darst, S.A.
履歴
登録2008年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sporulation kinase B
B: Sporulation kinase B
C: Sporulation kinase inhibitor Sda
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,89511
ポリマ－59,5193
非ポリマー1,3768
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-111.9 kcal/mol
Surface area22550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.111, 66.111, 315.572
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

-
Sporulation kinase ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Sporulation kinase B


分子量: 27011.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 10 / 遺伝子: GK1832, GKA09 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: histidine kinase
#2: タンパク質・ペプチド Sporulation kinase inhibitor Sda


分子量: 5496.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: 10 / 遺伝子: GK2527 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)

-
非ポリマー , 4種, 381分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE WAS OBTAINED FROM THE UNIVERSITY OF OKLAHOMA UNFINISHED GEOBACILLUS ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE WAS OBTAINED FROM THE UNIVERSITY OF OKLAHOMA UNFINISHED GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS GENOME SEQUENCING (STRAIN 10) PROJECT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 40% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2M lithium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月9日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 53462 / Num. obs: 52393 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.43 / % possible all: 92.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.03→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.179 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2620 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.201 53462 --
obs0.201 52332 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.18 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 56 405 4225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0962.0155278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8065475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67223.665161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76615728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4931534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22661
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3931.52500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63823876
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11931589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8284.51402
LS精密化 シェル最高解像度: 2.03 Å / Num. reflection Rwork: 3617 / Num. reflection all: 3837 / Total num. of bins used: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る