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- PDB-3d1n: Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with cor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1n
タイトルStructure of human Brn-5 transcription factor in complex with corticotrophin-releasing hormone gene promoter
要素
  • 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
  • 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
  • POU domain, class 6, transcription factor 1
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Protein-DNA complex / Helix-turn-helix (HTH) / DNA-binding / Homeobox / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle organ development / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II ...muscle organ development / brain development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains ...POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain, class 6, transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Ha, S.C. / Kim, S.-H.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of human Brn-5 transcription factor in complex with CRH gene promoter.
著者: Pereira, J.H. / Kim, S.H.
履歴
登録2008年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity_name_com ...database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
B: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
C: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
D: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
E: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
F: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
G: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
H: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
I: POU domain, class 6, transcription factor 1
J: POU domain, class 6, transcription factor 1
K: POU domain, class 6, transcription factor 1
L: POU domain, class 6, transcription factor 1
M: POU domain, class 6, transcription factor 1
N: POU domain, class 6, transcription factor 1
O: POU domain, class 6, transcription factor 1
P: POU domain, class 6, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,75416
ポリマ－175,75416
非ポリマー00
水1,74797
1
C: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
D: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
K: POU domain, class 6, transcription factor 1
L: POU domain, class 6, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9394
ポリマ－43,9394
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
G: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
H: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
O: POU domain, class 6, transcription factor 1
P: POU domain, class 6, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9394
ポリマ－43,9394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
3
A: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
B: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
I: POU domain, class 6, transcription factor 1
J: POU domain, class 6, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9394
ポリマ－43,9394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
4
E: 5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'
F: 5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'
M: POU domain, class 6, transcription factor 1
N: POU domain, class 6, transcription factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9394
ポリマ－43,9394
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.298, 112.060, 181.504
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*DAP*DGP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DTP*DAP*DA)-3'


分子量: 4304.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖
5'-D(*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DGP*DCP*DT)-3'


分子量: 4250.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
POU domain, class 6, transcription factor 1 / Brain-specific homeobox/POU domain protein 5 / Brain-5 / Brn-5 / mPOU homeobox protein


分子量: 17691.482 Da / 分子数: 8 / Fragment: POU Domain (UNP residues 142-292) / Mutation: C186S, C283S, L144M, L172M, I267M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POU6F1, BRN5, MPOU, TCFB1 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pSJS1240 / 参照: UniProt: Q14863
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M K-Na Tartrate Tetrahydrate, 0.05 M MgCl2, 20 % PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1K-Na Tartrate Tetrahydrate11
2MgCl211
3PEG335011
4H2O11
5K-Na Tartrate Tetrahydrate12
6MgCl212
7PEG335012
8H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 64438 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.1 % / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 52.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→48.91 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2698 2690 -Random
Rwork0.2119 ---
obs0.2119 64438 91 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7720 2272 0 97 10089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.931
LS精密化 シェル最高解像度: 2.5 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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