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- PDB-3d1d: Hexagonal crystal structure of Tas3 C-terminal alpha motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d1d
タイトルHexagonal crystal structure of Tas3 C-terminal alpha motif
要素RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
キーワードNUCLEAR PROTEIN / all alpha motif / RITS complex immunoglobulin fold / Cell cycle / Chromosome partition / Nucleus / RNA-mediated gene silencing
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin formation / siRNA binding / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / chromosome segregation ...RITS complex / subtelomeric heterochromatin / mating-type region heterochromatin / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin formation / siRNA binding / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / chromosome segregation / heterochromatin formation / molecular adaptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone Acetyltransferase; Chain A - #40 / : / Tas3, C-terminal helical domains / Tas3-like, N-terminal domain / Histone Acetyltransferase; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Li, H. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: An alpha motif at Tas3 C terminus mediates RITS cis spreading and promotes heterochromatic gene silencing.
著者: Li, H. / Motamedi, M.R. / Yip, C.K. / Wang, Z. / Walz, T. / Patel, D.J. / Moazed, D.
履歴
登録2008年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
B: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
C: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
D: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
E: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
F: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6466
ポリマ－83,6466
非ポリマー00
水3,171176
1
B: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
C: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8822
ポリマ－27,8822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
2
E: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3
F: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8822
ポリマ－27,8822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11390 Å2
手法PISA
3
A: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

D: RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8822
ポリマ－27,8822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z+1/31
Buried area1080 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.891, 84.891, 165.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 / RITS protein tas3


分子量: 13940.937 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 426-545 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: tas3, SPBC83.03c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta2(DE3) / 参照: UniProt: O94687
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG4000, 0.1 M Tris 7.5, 0.2 M KCl, 50 mM MgCl2, and 15% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 20741 / Num. obs: 19969 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2052 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3D1B

3d1b


解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1964 -random
Rwork0.206 ---
all-20741 --
obs-19940 86.7 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5226 0 0 176 5402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.23721
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007054
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.49737
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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