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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0w
タイトルCrystal structure of YflH protein from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium target SR326
要素YflH protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / yflH / Gram-positive bacterium / Bacillus subtilis / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function DUF3243 / Protein of unknown function DUF3243 / YmfJ/YflH superfamily / Protein of unknown function (DUF3243) / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein YflH
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Neely, H. / Forouhar, F. / Min, S. / Zhao, L. / Fang, Y. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. ...Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Neely, H. / Forouhar, F. / Min, S. / Zhao, L. / Fang, Y. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of YflH protein from Bacillus subtilis.
著者: Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Neely, H. / Forouhar, F. / Min, S. / Zhao, L. / Fang, Y. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. ...著者: Seetharaman, J. / Kuzin, A.P. / Neely, H. / Forouhar, F. / Min, S. / Zhao, L. / Fang, Y. / Owens, L. / Ma, L.-C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: YflH protein
B: YflH protein
C: YflH protein
D: YflH protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9174
ポリマ－48,9174
非ポリマー00
水5,819323
1
A: YflH protein
C: YflH protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4592
ポリマ－24,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
2
B: YflH protein
D: YflH protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4592
ポリマ－24,4592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-21.8 kcal/mol
Surface area10320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.300, 45.180, 99.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
YflH protein


分子量: 12229.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yflH, BSU07680 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34306
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Citric acid, 30% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.979
シンクロトロンNSLS X4C20.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2008年3月28日
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2008年4月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 57564 / Num. obs: 57564 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Num. unique all: 5714 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→33.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 180236.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2524 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 51431 89.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6424 Å2 / ksol: 0.38333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å25.17 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2749 0 0 323 3072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.66
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 338 4.7 %
Rwork0.239 6926 -
obs--75.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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