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万見
- PDB-3d0e: Crystal structure of human Akt2 in complex with GSK690693 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d0e
タイトルCrystal structure of human Akt2 in complex with GSK690693
要素RAC-beta serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE INHIBITOR / human / AKT2 / inhibitor / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of cap-dependent translational initiation / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus ...retinal rod cell apoptotic process / PDE3B signalling / cellular response to high light intensity / Inhibition of TSC complex formation by PKB / positive regulation of cap-dependent translational initiation / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / Negative regulation of the PI3K/AKT network / Activation of AKT2 / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / mammary gland epithelial cell differentiation / positive regulation of glucose metabolic process / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / peripheral nervous system myelin maintenance / glycogen biosynthetic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of cell motility / Co-inhibition by CTLA4 / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / fat cell differentiation / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of protein targeting to membrane / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of glycogen biosynthetic process / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / FLT3 Signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / regulation of cell migration / molecular function activator activity / protein localization to plasma membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / positive regulation of D-glucose import / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein modification process / ruffle membrane / Regulation of PTEN stability and activity / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Regulation of TP53 Degradation / insulin receptor signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / cell cortex / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / early endosome / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein stabilization / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Protein Kinase B beta, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G93 / RAC-beta serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Concha, N.O. / Smallwood, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Identification of 4-(2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-1-ethyl-7-{[(3S)-3-piperidinylmethyl]oxy}-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl)-2-methyl-3-butyn-2-ol (GSK690693), a novel inhibitor of AKT kinase.
著者: Heerding, D.A. / Rhodes, N. / Leber, J.D. / Clark, T.J. / Keenan, R.M. / Lafrance, L.V. / Li, M. / Safonov, I.G. / Takata, D.T. / Venslavsky, J.W. / Yamashita, D.S. / Choudhry, A.E. / ...著者: Heerding, D.A. / Rhodes, N. / Leber, J.D. / Clark, T.J. / Keenan, R.M. / Lafrance, L.V. / Li, M. / Safonov, I.G. / Takata, D.T. / Venslavsky, J.W. / Yamashita, D.S. / Choudhry, A.E. / Copeland, R.A. / Lai, Z. / Schaber, M.D. / Tummino, P.J. / Strum, S.L. / Wood, E.R. / Duckett, D.R. / Eberwein, D. / Knick, V.B. / Lansing, T.J. / McConnell, R.T. / Zhang, S. / Minthorn, E.A. / Concha, N.O. / Warren, G.L. / Kumar, R.
履歴
登録2008年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22016年12月28日Group: Non-polymer description
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-beta serine/threonine-protein kinase
B: RAC-beta serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9964
ポリマ－78,1452
非ポリマー8512
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RAC-beta serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4982
ポリマ－39,0731
非ポリマー4251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: RAC-beta serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4982
ポリマ－39,0731
非ポリマー4251
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.489, 116.489, 45.119
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 146 - 480 / Label seq-ID: 1 - 335

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 RAC-beta serine/threonine-protein kinase / RAC-PK-beta / Protein kinase Akt-2 / Protein kinase B / beta / PKB beta


分子量: 39072.512 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 変異: S474D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31751, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-G93 / 4-{2-(4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-1-ethyl-7-[(3S)-piperidin-3-ylmethoxy]-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl}-2-methylbut-3 -yn-2-ol / GSK690693 / GSK-690693


分子量: 425.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 14% PEG 4K, 10% isopropanol, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Quantum 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.67 Å / Num. obs: 46301 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.33 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.074.10.61546821.211199.9
2.07-2.154.10.48246501.207199.9
2.15-2.254.10.32345761.395199.9
2.25-2.374.20.29146521.2051100
2.37-2.524.20.19745971.1171100
2.52-2.714.20.1546341.0941100
2.71-2.994.20.09946431.0931100
2.99-3.424.20.07146321.331100
3.42-4.314.20.05646211.779199.8
4.31-504.20.04546141.879199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化解像度: 2→35.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.744 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2346 5.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 46277 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.342 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5314 0 62 450 5826
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225506
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9867440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81139300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5665644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16123.209268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92215968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9831544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.24009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.22745
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2670.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.54223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0661.51306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60925216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8532732
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2284.52224
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1909MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2655LOOSE POSITIONAL0.275
1909MEDIUM THERMAL0.122
2655LOOSE THERMAL0.2510
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 173 -
Rwork0.301 3331 -
all-3504 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96580.5551-0.06870.7675-0.26190.97980.0748-0.0053-0.00270.0319-0.0732-0.0636-0.11210.0339-0.0016-0.0276-0.01870.0079-0.07450.0053-0.050415.6613-18.60163.7316
20.3183-0.20330.19791.5257-0.26580.9553-0.03890.03660.04290.07460.0372-0.0337-0.0746-0.07250.0017-0.05110.03120.0011-0.0550.01-0.054823.9523-63.0005-3.7824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA146 - 4801 - 335
2X-RAY DIFFRACTION2BB146 - 4801 - 335

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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