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- PDB-3d03: 1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d03
タイトル1.9A structure of Glycerophoshphodiesterase (GpdQ) from Enterobacter aerogenes
要素Phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / glycerophosphodiesterase / metallohydrolase / phosphatase / metal ion
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerophosphodiester phosphodiesterase / glycerophosphodiester phosphodiesterase activity / glycerol metabolic process / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
GpdQ, beta-strand dimerisation domain / GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain / GpdQ, beta-strand dimerisation domain / GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain / Cyclic nucleotide phosphodiesterase GpdQ/CpdA-like / : / Transcription Regulator spoIIAA / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase ...GpdQ, beta-strand dimerisation domain / GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain / GpdQ, beta-strand dimerisation domain / GpdQ, catalytic alpha/beta sandwich domain / Cyclic nucleotide phosphodiesterase GpdQ/CpdA-like / : / Transcription Regulator spoIIAA / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycerophosphodiester phosphodiesterase GpdQ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hadler, K.S. / Tanifum, E. / Yip, S.H.-C. / Miti, N. / Guddat, L.W. / Jackson, C.J. / Gahan, L.R. / Carr, P.D. / Nguyen, K. / Ollis, D.L. ...Hadler, K.S. / Tanifum, E. / Yip, S.H.-C. / Miti, N. / Guddat, L.W. / Jackson, C.J. / Gahan, L.R. / Carr, P.D. / Nguyen, K. / Ollis, D.L. / Hengge, A.C. / Larrabee, J.A. / Schenk, G.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Substrate-promoted formation of a catalytically competent binuclear center and regulation of reactivity in a glycerophosphodiesterase from Enterobacter aerogenes.
著者: Hadler, K.S. / Tanifum, E.A. / Yip, S.H. / Mitic, N. / Guddat, L.W. / Jackson, C.J. / Gahan, L.R. / Nguyen, K. / Carr, P.D. / Ollis, D.L. / Hengge, A.C. / Larrabee, J.A. / Schenk, G.
履歴
登録2008年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphohydrolase
B: Phosphohydrolase
C: Phosphohydrolase
D: Phosphohydrolase
E: Phosphohydrolase
F: Phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,34318
ポリマ－184,6366
非ポリマー70712
水18,6281034
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25140 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area52030 Å2
手法PISA
2
A: Phosphohydrolase
B: Phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7816
ポリマ－61,5452
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
3
E: Phosphohydrolase
F: Phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7816
ポリマ－61,5452
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
4
C: Phosphohydrolase
D: Phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7816
ポリマ－61,5452
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.967, 133.842, 168.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Phosphohydrolase


分子量: 30772.646 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア)
遺伝子: GPDQ / プラスミド: PCY76 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5ALPHA
参照: UniProt: Q6XBH1, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1034 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ERROR INTRODUCED DURING THE PCR AMPLIFICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, 100mM bis-tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95367 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月13日
放射モノクロメーター: double crystal, second crystal sagitally focussed
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95367 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.3 Å / Num. all: 163812 / Num. obs: 163812 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.2 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DXL

2dxl


解像度: 1.9→43.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.658 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22333 8219 5 %RANDOM
Rwork0.18426 ---
obs0.18623 155501 96.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12858 0 12 1034 13904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02113218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9518038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41651626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1823.827648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.381152024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9971586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.25894
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.28893
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9051.58384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47213162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63235512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0554.54876
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 538 -
Rwork0.263 10551 -
obs--90.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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