[日本語] English
- PDB-3czq: Crystal structure of putative polyphosphate kinase 2 from Sinorhi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3czq
タイトルCrystal structure of putative polyphosphate kinase 2 from Sinorhizobium meliloti
要素Putative polyphosphate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / APC6299 / polyphosphate kinase 2 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの / polyphosphate kinase activity / ATP biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate kinase 2, PA0141 / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / ADP-polyphosphate phosphotransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Nocek, B. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2008
タイトル: Polyphosphate-dependent synthesis of ATP and ADP by the family-2 polyphosphate kinases in bacteria.
著者: Nocek, B. / Kochinyan, S. / Proudfoot, M. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Osipiuk, J. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2008年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative polyphosphate kinase 2
B: Putative polyphosphate kinase 2
C: Putative polyphosphate kinase 2
D: Putative polyphosphate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,8367
ポリマ-142,6524
非ポリマー1843
4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7750 Å2
ΔGint-41.1 kcal/mol
Surface area49980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.609, 71.672, 89.471
Angle α, β, γ (deg.)75.86, 85.97, 65.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Putative polyphosphate kinase 2


分子量: 35663.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / : 1021 / 遺伝子: R00507, SMc02148 / プラスミド: modified pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92SA6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-tris buffer, 0.3 M NDSB-211, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月24日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→34.7 Å / Num. all: 56568 / Num. obs: 56568 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 46.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.23→34.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 14.972 / SU ML: 0.189 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.356 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 2840 5 %RANDOM
Rwork0.18696 ---
obs0.18968 56551 89.28 %-
all-56551 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.022 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å2-0.19 Å20.04 Å2
2--0.74 Å20.52 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9418 0 12 255 9685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0229687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.94513054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.04851145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53323.012508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.879151728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3771599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.24364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.26361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3010.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.55859
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19829177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93734397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9714.53876
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 101 -
Rwork0.248 1935 -
obs--43.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2464-0.5303-1.09081.0653-0.03213.3097-0.1626-0.25770.16480.16230.0182-0.1685-0.10090.64150.1444-0.1993-0.0497-0.05950.09690.0071-0.181378.71628.636267.7823
20.4781-0.24790.83160.1975-0.08613.17520.03260.0547-0.04220.0092-0.0499-0.01890.2767-0.2540.0173-0.1443-0.06870.00640.04050.0077-0.05955.81223.881450.7906
39.34021.9543-0.16833.4447-0.07150.3786-0.1455-0.1093-0.0496-0.1186-0.0032-0.2897-0.07770.88910.1488-0.113-0.0778-0.01670.21620.0662-0.085570.861430.878341.4915
42.0968-0.28051.27840.30390.03973.3026-0.17770.02180.1483-0.03480.0205-0.0295-0.47060.10740.1571-0.1468-0.0716-0.0088-0.03720.0471-0.044764.515633.309250.7552
52.53571.5658-1.0999.271-2.27463.3374-0.14350.3786-0.159-0.3658-0.23880.12780.40640.82080.3823-0.19680.04470.01680.1951-0.0051-0.115279.408619.820657.1633
61.22850.18270.51410.5453-0.0823.2545-0.2209-0.1830.2846-0.01550.04860.0182-0.407-0.09260.1723-0.1195-0.0332-0.0302-0.08-0.0168-0.038860.656235.667659.0528
74.75462.6501-4.71024.46650.074614.4721-0.1393-0.12920.7551-0.09990.00320.0601-1.76250.10870.1362-0.0321-0.0219-0.0986-0.1945-0.0497-0.007164.09441.484463.0208
84.030.510.11481.0466-0.31023.0313-0.13020.43820.3678-0.0549-0.03620.19320.009-0.59670.1664-0.25680.0471-0.03220.1284-0.0098-0.103929.084228.06314.6932
90.61030.22151.09420.09190.26113.57810.05610.06260.03440.0641-0.0346-0.00920.29340.277-0.0215-0.15910.04970.00410.03750.0189-0.029251.842523.673121.6998
107.9949-3.66530.18842.60921.67733.3535-0.4056-0.3087-0.29220.12710.01280.42790.0066-0.69630.3928-0.18260.02890.00920.1328-0.02270.044437.219931.366731.3375
111.19780.26111.11510.06480.35893.8619-0.16980.0790.29870.0041-0.03620.0502-0.4407-0.13380.206-0.1690.0639-0.0201-0.05680.01240.02843.224332.835920.8373
126.959-5.24151.00695.4959-3.76345.9787-0.64550.68320.16370.38660.1420.04540.5444-0.48960.5034-0.1679-0.06790.05050.0791-0.0304-0.063329.922514.999913.548
139.26924.53074.54962.23642.48625.3807-0.1328-0.59060.27670.2105-0.2108-0.182-0.3937-0.98180.3436-0.14990.1614-0.0550.0338-0.05960.040234.738736.168822.7426
142.8268-0.33630.45730.63580.31212.9632-0.22950.45190.3688-0.03970.049-0.0317-0.39230.33010.1805-0.1627-0.0231-0.02950.06080.13570.009749.403334.5868.0381
154.3857-0.4635-0.33733.7911-0.39952.69340.2982-0.4258-0.22170.642-0.08880.41431.0363-0.6633-0.20940.3367-0.42640.0815-0.01020.0501-0.244847.9969-0.563176.4951
160.25280.00460.71410.9005-0.11643.42530.21540.0190.0685-0.1065-0.1473-0.10580.9613-0.139-0.06810.1866-0.08870.0849-0.2163-0.0045-0.118558.18724.388650.7446
175.21870.2852-1.34431.5617-3.263325.02230.9399-0.59950.54750.7442-0.39370.58341.127-0.6425-0.54620.383-0.4937-0.03960.11710.17480.085738.1328-2.493949.915
180.73440.02540.18671.0286-0.10044.3090.2666-0.1073-0.1108-0.1533-0.05020.09161.5115-0.4836-0.21650.5342-0.288-0.0218-0.17540.0368-0.156650.3359-5.05154.0201
190.96893.677-0.059615.61572.75615.35920.2533-0.44720.37670.358-0.33571.10340.6756-1.03850.0824-0.1028-0.21970.12940.04850.0494-0.018143.470613.192168.1941
201.83590.98630.13461.98020.03063.57550.2435-0.1753-0.0784-0.1624-0.0020.10621.3739-0.3679-0.24150.5476-0.2216-0.0389-0.27470.0842-0.133853.1013-6.074860.5428
215.26762.4455-3.3866.9551-3.03782.6333-0.390.2175-1.167-0.53230.1864-0.71011.57640.18350.20360.53630.0276-0.0014-0.20080.0566-0.11364.3748-10.087865.2412
225.4666-4.13722.529211.39635.059817.87160.08550.86-0.38350.70570.2265-1.00652.54320.4528-0.3120.28190.3965-0.06830.559-0.1305-0.070574.91670.6165-1.3825
233.12240.6477-1.4771.19810.96794.73650.27320.4557-0.15750.203-0.21310.06460.896-0.0584-0.06010.20140.1936-0.0213-0.146-0.01-0.269248.7655-0.50941.0393
240.2192-0.09210.87140.3309-0.15173.62240.31280.07070.18270.0666-0.2745-0.06620.89320.0892-0.03830.23110.06180.1127-0.14560.0137-0.132851.27994.78124.5664
2510.5193-3.1785-0.32082.27231.45891.42370.7530.70730.33080.4509-0.1681-0.23751.05530.8184-0.58490.59910.4261-0.06730.0669-0.0116-0.180364.9499-2.544224.7578
260.62540.29840.19030.15990.35564.06320.25430.1535-0.01540.2395-0.0158-0.02991.2980.5112-0.23850.38340.2839-0.0134-0.1124-0.0046-0.183157.927-0.514214.9196
272.3933-0.4262-0.46430.55150.48893.89130.22560.1525-0.10110.5588-0.081-0.07061.56910.3311-0.14460.65610.2397-0.0354-0.2319-0.0464-0.193754.0912-5.278913.2272
2814.0292-4.1405-9.05929.67624.33966.17810.0063-1.432-1.09010.6317-0.1712-0.46051.88770.29730.16480.96590.0748-0.0112-0.1304-0.0124-0.120447.4811-11.70988.1807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 6614 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2AA67 - 14769 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3AA148 - 170150 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4AA171 - 207173 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5AA208 - 230210 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6AA231 - 286233 - 288
7X-RAY DIFFRACTION7AA287 - 299289 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8BB13 - 6615 - 68
9X-RAY DIFFRACTION9BB67 - 14769 - 149
10X-RAY DIFFRACTION10BB148 - 172150 - 174
11X-RAY DIFFRACTION11BB173 - 207175 - 209
12X-RAY DIFFRACTION12BB208 - 221210 - 223
13X-RAY DIFFRACTION13BB222 - 249224 - 251
14X-RAY DIFFRACTION14BB250 - 299252 - 301
15X-RAY DIFFRACTION15CC16 - 6718 - 69
16X-RAY DIFFRACTION16CC68 - 15270 - 154
17X-RAY DIFFRACTION17CC153 - 167155 - 169
18X-RAY DIFFRACTION18CC168 - 207170 - 209
19X-RAY DIFFRACTION19CC208 - 221210 - 223
20X-RAY DIFFRACTION20CC222 - 277224 - 279
21X-RAY DIFFRACTION21CC278 - 299280 - 301
22X-RAY DIFFRACTION22DD14 - 3416 - 36
23X-RAY DIFFRACTION23DD35 - 7637 - 78
24X-RAY DIFFRACTION24DD77 - 14579 - 147
25X-RAY DIFFRACTION25DD146 - 172148 - 174
26X-RAY DIFFRACTION26DD173 - 217175 - 219
27X-RAY DIFFRACTION27DD218 - 282220 - 284
28X-RAY DIFFRACTION28DD283 - 299285 - 301

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る