- PDB-3cz8: Crystal structure of putative sporulation-specific glycosylase yd... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3cz8
タイトル
Crystal structure of putative sporulation-specific glycosylase ydhD from Bacillus subtilis
要素
Putative sporulation-specific glycosylase ydhD
キーワード
HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / UNCHARACTERIZED PROTEIN / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Carbohydrate metabolism / Glycosidase / Polysaccharide degradation / Sporulation
機能・相同性
機能・相同性情報
加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / spore wall / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chitin binding / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能
モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 41723 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル
解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.7
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELXD
位相決定
REFMAC
5.3.0034
精密化
MAR345
CCD
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 6.78 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25793
1212
3.1 %
RANDOM
Rwork
0.19597
-
-
-
obs
0.19787
37618
99.99 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK