+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cz3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Tomato Aspermy Virus 2b in complex with siRNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/RNA / protein-dsRNA complex / Coiled coil / Nucleus / Suppressor of RNA silencing / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tomato aspermy virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, J.B. / Li, F. / Ding, S.W. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural Basis for siRNA Recognition by 2b, a Viral Suppressor of Non-Cell Autonomous RNA Silencing 著者: Ma, J.B. / Li, F. / Ding, S.W. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cz3.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3cz3.ent.gz | 106.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cz3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cz3_validation.pdf.gz | 493.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3cz3_full_validation.pdf.gz | 528 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cz3_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cz3_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/3cz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/3cz3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6077.673 Da / 分子数: 2 / 断片: ppi-1 / 由来タイプ: 合成 #2: RNA鎖 | 分子量: 6054.633 Da / 分子数: 2 / 断片: ppi-2 / 由来タイプ: 合成 #3: タンパク質 | 分子量: 8305.397 Da / 分子数: 4 / 断片: Tav2b N69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tomato aspermy virus (ウイルス) / 遺伝子: RNA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q8UYT3 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 6.1 % / Av σ(I) over netI: 14.7 / 数: 103017 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Χ2: 1.03 / D res high: 3.3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 16831 / % possible obs: 87.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 12056 / Num. obs: 10597 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 803 / Rsym value: 0.574 / Χ2: 1.081 / % possible all: 69.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.23→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 40.541 / SU ML: 0.681 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.899 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 106.986 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.23→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.23→3.315 Å / Total num. of bins used: 20
|