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- PDB-3cwz: Structure of RAB6(GTP)-R6IP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwz
タイトルStructure of RAB6(GTP)-R6IP1 complex
要素
  • Rab6-interacting protein 1
  • Ras-related protein Rab-6A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Rab6 Interacting Protein 1 / Rab small GTPase / Rab-binding domain / guanosine 5' triphosphate / RUN / RPIP8 / UNC-14 / NESCA PLAT / GOLGI apparatus / Golgi / lipase / lipoxygenase / membrane / lipoprotein / ER-Golgi transport / GTP-binding / Methylation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation / Protein transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / retromer complex / protein localization to Golgi apparatus ...peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / endosome to plasma membrane transport vesicle / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to Golgi membrane / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / retromer complex / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / TBC/RABGAPs / retrograde transport, endosome to Golgi / antigen processing and presentation / endomembrane system / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / trans-Golgi network / small GTPase binding / neuron projection development / negative regulation of neuron projection development / cytoplasmic vesicle / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #800 / : / : / : / : / dDENN domain / uDENN domain / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #800 / : / : / : / : / dDENN domain / uDENN domain / uDENN domain / Domain always found upstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain / Domain found in a variety of signalling proteins, always encircled by uDENN and dDENN / Domain always found downstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / RUN domain / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / : / PLAT/LH2 domain / Lipoxygenase-1 / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / small GTPase Rab1 family profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Helix non-globular / Rab subfamily of small GTPases / Special / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-6A / DENN domain-containing protein 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Recacha, R. / Houdusse, A. / Goud, B. / Khan, A.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural basis for recruitment of Rab6-interacting protein 1 to Golgi via a RUN domain.
著者: Recacha, R. / Boulet, A. / Jollivet, F. / Monier, S. / Houdusse, A. / Goud, B. / Khan, A.R.
履歴
登録2008年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Rab6-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1654
ポリマ－65,6172
非ポリマー5472
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.240, 100.240, 299.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6A / Rab-6


分子量: 21607.662 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 8-195 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB6A, RAB6 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20340
#2: タンパク質 Rab6-interacting protein 1 / Rab6IP1


分子量: 44009.809 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 707-1145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
解説: Vector pHis2 derived from pET15 modified to rTEV cleavage site
遺伝子: Rab6ip1 / プラスミド: pHis2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6PAL8
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES, 2% PEG 4000, 3% MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1410.978
シンクロトロンESRF ID14-120.934
検出器
タイプID検出器
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.9341
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18629 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 101.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→24.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1994733.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME OTHER REFINEMENT REMARKS: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 625 4.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 15427 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.483 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 100.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→24.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3802 0 33 37 3872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d2.823
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 91 3.6 %
Rwork0.316 2415 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4gtp.paramgtp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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