[日本語] English
万見
- PDB-3cwq: Crystal structure of chromosome partitioning protein (ParA) in co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cwq
タイトルCrystal structure of chromosome partitioning protein (ParA) in complex with ADP from Synechocystis sp. Northeast Structural Genomics Consortium Target SgR89
要素ParA family chromosome partitioning protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ParA family chromosome partitioning protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Janjua, H. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. ...Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Janjua, H. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of chromosome partitioning protein (ParA) in complex with ADP from Synechocystis sp.
著者: Forouhar, F. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Mao, L. / Xiao, R. / Janjua, H. / Maglaqui, M. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ParA family chromosome partitioning protein
B: ParA family chromosome partitioning protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7024
ポリマ－45,8482
非ポリマー8542
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-2.4 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.609, 70.142, 112.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ParA family chromosome partitioning protein


分子量: 22923.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: sll6036 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q6YRW8
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 100 Sodium chloride, 5 mM DTT. Resevoir solution: 25% Ethylene glycol, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月2日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→29.62 Å / Num. all: 33511 / Num. obs: 33511 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 32.74
反射 シェル解像度: 2.47→2.54 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 6.96 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.47→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 25.339 / SU ML: 0.253 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.563 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Program CNS 1.2 has also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28173 842 5.1 %RANDOM
Rwork0.22069 ---
obs0.22368 15781 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.83 Å20 Å20 Å2
2---7.08 Å20 Å2
3---11.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3074 0 54 39 3167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0223190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6691.9934338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9695400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.47224.426122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.58515550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9471518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.21533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3080.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.361.52080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08923219
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35131306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9314.51119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.537 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 48 -
Rwork0.274 788 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 74.1905 Å / Origin y: 38.4644 Å / Origin z: 65.5746 Å
111213212223313233
T-0.0214 Å20.0064 Å2-0.0135 Å2-0.0842 Å2-0.032 Å2---0.1771 Å2
L1.6093 °21.244 °2-0.4318 °2-4.6662 °2-0.7383 °2--0.5751 °2
S0.061 Å °-0.1537 Å °-0.0576 Å °0.1562 Å °-0.0591 Å °-0.1534 Å °-0.0106 Å °0.0287 Å °-0.0019 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B302 - 320
2X-RAY DIFFRACTION1A302 - 322
3X-RAY DIFFRACTION1B301
4X-RAY DIFFRACTION1A301
5X-RAY DIFFRACTION1B1 - 201
6X-RAY DIFFRACTION1A1 - 206

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る