PDB-3cwk: Crystal Structure of the R132K:Y134F:R111L:T54V:L121E Mutant of C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cwk

タイトル

Crystal Structure of the R132K:Y134F:R111L:T54V:L121E Mutant of Cellular Retinoic Acid Binding Protein Type II in Complex with All-trans-Retinoic Acid at 1.57 Angstroms Resolution

要素

Cellular retinoic acid-binding protein 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CRABPII / RETINOIC ACID / RETINOIDS / BETA BARREL / HIGH RESOLUTION / Cytoplasm / Nucleus / Retinol-binding / Transport / Vitamin A

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vaezeslami, S. / Geiger, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of site-directed mutants of cellular retinoic acid-binding protein II addresses the relationship between structural integrity and ligand binding.
著者: Vaezeslami, S. / Jia, X. / Vasileiou, C. / Borhan, B. / Geiger, J.H.

履歴

登録	2008年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cwk.cif.gz	80.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cwk.ent.gz	61.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cwk_validation.pdf.gz	649.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cwk_full_validation.pdf.gz	650.5 KB	表示
XML形式データ	3cwk_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	3cwk_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/3cwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d95C 3d96C 2fr3 2frs 2fs6 2g78 2g79 2g7b C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d96-2 1cbs-d 4yfq-d 4ygz-d 4yda-d 7jvy-2 2qfb-9 6nnx-d 7aa0-1 6mow-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellular retinoic acid-binding protein 2

ヘテロ分子

15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.787, 44.860, 77.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II / Retinoic acid-binding protein II / cellular 分子量: 15507.735 Da / 分子数: 1 / 変異: T54V, R111L, L121E, R132K, Y134F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: PET17-B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-REA / RETINOIC ACID / (2E,4E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)-2,4,6,8-ノナテトラエン酸分子量: 300.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 30% (W/V) PEG 5000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 21826 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 27.28
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.157 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	位相決定

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.6→39.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 2.15 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	2110	9.9 %	RANDOM
R_work	0.12	-	-	-
obs	0.125	19203	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1146	0	27	238	1411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.881	1.984	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.231	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.979	26	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.332	15	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.868	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	578
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.314	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.247	1.5	907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.811	1.5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.57	2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.909	3	558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.127	4.5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.305	3	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	9.116	3	238
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	3.686	3	2295

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	113	-
R_work	0.115	1139	-
obs	-	-	79.09 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)