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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cw1 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Spliceosomal U1 snRNP | ||||||
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![]() | SPLICING / pre-mRNA splicing / spliceosome / RNA-binding domain / Sm fold / zinc finger / RNA recognition motif / 5' splice site | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation ...negative regulation of protein refolding / regulation of ATP-dependent activity / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / methylosome / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / telomerase holoenzyme complex / SMN-Sm protein complex / P granule / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / single-stranded RNA binding / nuclear speck / nuclear body / mRNA binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pomeranz Krummel, D.A. / Oubridge, C. / Leung, A.K. / Li, J. / Nagai, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human spliceosomal U1 snRNP at 5.5 A resolution. 著者: Pomeranz Krummel, D.A. / Oubridge, C. / Leung, A.K. / Li, J. / Nagai, K. #1: ![]() タイトル: Crystal structures of two Sm protein complexes and their implications for the assembly of the spliceosomal snRNPs. 著者: Kambach, C. / Walke, S. / Young, R. / Avis, J.M. / de la Fortelle, E. / Raker, V.A. / Luhrmann, R. / Li, J. / Nagai, K. #2: ![]() タイトル: Structure of the spliceosomal U4 snRNP core domain and its implication for snRNP biogenesis 著者: Leung, A.K.W. / Nagai, K. / Li, J. #3: ![]() タイトル: The structure and biochemical properties of the human spliceosomal protein U1C. 著者: Muto, Y. / Pomeranz Krummel, D. / Oubridge, C. / Hernandez, H. / Robinson, C.V. / Neuhaus, D. / Nagai, K. #4: ![]() タイトル: A retroviral RNA kissing complex containing only two G.C base pairs. 著者: Kim, C.H. / Tinoco, I. #5: ![]() タイトル: Crystal structure at 1.92 A resolution of the RNA-binding domain of the U1A spliceosomal protein complexed with an RNA hairpin. 著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K. #6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1990 タイトル: Solution structure of human U1 snRNA. Derivation of a possible three-dimensional model. 著者: Krol, A. / Westhof, E. / Bach, M. / Luhrmann, R. / Ebel, J.P. / Carbon, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 24分子 DSTUBMNOCPQRFZ12EWXYG345
#2: タンパク質 | 分子量: 13956.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 8分子 K678L90l
#9: タンパク質 | 分子量: 25372.779 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 8800.039 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-77 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 12分子 VvwxAHIJ

#11: 化合物 | ChemComp-ZN / #1: RNA鎖 | 分子量: 44418.223 Da / 分子数: 4 断片: Nucleotides 57-82 absent, replaced with kissing loop 変異: C53G,G54A,A55G,G56A,U83C,A85U / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 18003.979 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-174 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 38-40% MPD, 0.3M KCl, 0.1M MES.KOH, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 111105 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / D res high: 6.5 Å / D res low: 103.721 Å / Num. obs: 14148 / % possible obs: 96.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 5.493→123.091 Å / Num. all: 28397 / Num. obs: 28397 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 5.493→5.78 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. measured all: 31601 / Num. unique all: 4031 / % possible all: 98.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 5.493→123.091 Å / Num. reflection all: 28397 / Num. reflection obs: 28397 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 詳細: Refinement not applicable with C-alpha & phosphorous atom only model | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 231.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.493→123.091 Å
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