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- PDB-3cvo: Crystal structure of a methyltransferase-like protein (spo2022) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cvo
タイトルCrystal structure of a methyltransferase-like protein (spo2022) from silicibacter pomeroyi dss-3 at 1.80 A resolution
要素Methyltransferase-like protein of unknown function
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Class I SAM-dependent methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of methyltransferase-like protein of unknown function (YP_167254.1) from Silicibacter pomeroyi DSS-3 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase-like protein of unknown function
B: Methyltransferase-like protein of unknown function
C: Methyltransferase-like protein of unknown function
D: Methyltransferase-like protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,68754
ポリマ－91,3544
非ポリマー3,33450
水8,935496
1
A: Methyltransferase-like protein of unknown function
B: Methyltransferase-like protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,42129
ポリマ－45,6772
非ポリマー1,74427
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
2
C: Methyltransferase-like protein of unknown function
D: Methyltransferase-like protein of unknown function
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,26725
ポリマ－45,6772
非ポリマー1,59023
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-21.3 kcal/mol
Surface area17190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.391, 61.653, 96.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSETYRTYR6AA9 - 15410 - 155
21MSEMSETYRTYR6BB9 - 15410 - 155
31MSEMSETYRTYR6CC9 - 15410 - 155
41MSEMSETYRTYR6DD9 - 15410 - 155
12GLNGLNPROPRO4AA160 - 201161 - 202
22GLNGLNPROPRO4BB160 - 201161 - 202
32GLNGLNPROPRO4CC160 - 201161 - 202
42GLNGLNPROPRO4DD160 - 201161 - 202

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Methyltransferase-like protein of unknown function


分子量: 22838.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
生物種: Silicibacter pomeroyi / 株: DSS-3 / DSM 15171 / 遺伝子: YP_167254.1, SPO2022 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LRV1

-
非ポリマー , 5種, 546分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: NANODROP, 2.1M Ammonium sulfate, 1.5% PEG 400, 15.0% Glycerol, 0.1M HEPES pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97914, 0.97932
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月28日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979141
30.979321
反射解像度: 1.8→29.63 Å / Num. obs: 93599 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 21.483 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.853.20.64812176268830.64899.8
1.85-1.93.20.5031.52114866770.50399.9
1.9-1.953.20.37622081665650.37699.9
1.95-2.013.20.3132.41998863190.31399.9
2.01-2.083.20.2622.81953061460.262100
2.08-2.153.20.2073.61897359760.207100
2.15-2.233.20.1721.81816957190.172100
2.23-2.323.20.1472.71757955270.147100
2.32-2.433.20.1176.11691153210.117100
2.43-2.553.20.1096.71626150980.109100
2.55-2.683.20.0977.21530048130.097100
2.68-2.853.20.0877.81459045790.087100
2.85-3.043.20.0729.21369543130.072100
3.04-3.293.20.0610.71286840490.06100
3.29-3.63.20.04912.81169036880.049100
3.6-4.023.20.043141069433630.043100
4.02-4.653.20.04314.1937029640.043100
4.65-5.693.10.04713794825360.047100
5.69-8.053.10.0512.5607719680.05100
8.05-29.6330.04413.4326610950.04497.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0069精密化
PHENIX精密化
SOLVE位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.587 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.1
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. SULFATE (SO4) IONS, PEG 400 FRAGMENTS (PG4) AND GLYCEROL (GOL) FROM CRYSTALLIZATION AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO SOLUTION WERE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 4690 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 93597 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å2-1.37 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6003 0 213 496 6712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.9689007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.375311228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3475829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.34422.279272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87815975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2371562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217395
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.82934069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.68431590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.93656617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.04682560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.224112390
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1732LOOSE POSITIONAL0.315
12B1732LOOSE POSITIONAL0.555
13C1732LOOSE POSITIONAL0.275
14D1732LOOSE POSITIONAL0.35
11A1732LOOSE THERMAL1.9510
12B1732LOOSE THERMAL2.8410
13C1732LOOSE THERMAL4.1410
14D1732LOOSE THERMAL2.710
21A464MEDIUM POSITIONAL0.390.5
22B464MEDIUM POSITIONAL0.350.5
23C464MEDIUM POSITIONAL0.210.5
24D464MEDIUM POSITIONAL0.350.5
21A464MEDIUM THERMAL1.622
22B464MEDIUM THERMAL1.82
23C464MEDIUM THERMAL1.92
24D464MEDIUM THERMAL1.642
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 351 -
Rwork0.244 6523 -
all-6874 -
obs--99.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.609-0.42130.45721.17370.06280.9003-0.0411-0.03850.18670.12810.0453-0.16570.05870.1654-0.0042-0.09430.0214-0.0127-0.0218-0.0461-0.006367.36550.559157.9464
20.8136-0.09610.00870.96310.27770.9337-0.00160.08830.0381-0.1232-0.00060.10120.0167-0.03510.0022-0.0735-0.0025-0.0073-0.07770.0023-0.016634.357546.959341.6264
30.70010.26290.25811.3650.13823.4611-0.00160.0985-0.0852-0.19120.07720.04360.54060.3098-0.07560.13950.0493-0.0182-0.0288-0.0431-0.104761.84521.7222-3.2007
40.73220.29170.28371.07660.29651.6856-0.04530.08490.0217-0.03740.0052-0.00420.02340.16020.0401-0.0619-0.00640.0074-0.0541-0.0131-0.063265.328120.6328.1604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 2019 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2BB8 - 2019 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3CC8 - 2019 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4DD8 - 2019 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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