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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cvj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative phosphoheptose isomerase (bh3325) from bacillus halodurans c-125 at 2.00 A resolution | ||||||
![]() | Putative phosphoheptose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / Rossmann fold / 3-layer (aba) sandwich / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative phosphoheptose isomerase (NP_244191.1) from Bacillus halodurans at 2.00 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: SER / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 3 - 241 / Label seq-ID: 4 - 242
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27247.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Bacillus halodurans / 株: C-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / 遺伝子: NP_244191.1, BH3325 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.33 詳細: NANODROP, 22.0% PEG 8000, 0.15M Magnesium acetate, 0.1M Sodium cacodylate pH 6.33, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月3日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97854 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→29.566 Å / Num. obs: 60439 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.086 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. MAGNESIUM (MG) AND ACETATE (ACT) IONS FROM CRYSTALLIZATION AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO SOLUTION WERE MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.606 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.566 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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