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- PDB-3cv6: The crystal structure of mouse 17-alpha hydroxysteroid dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cv6
タイトルThe crystal structure of mouse 17-alpha hydroxysteroid dehydrogenase GG225.226PP mutant in complex with inhibitor and cofactor NADP+.
要素Aldo-keto reductase family 1 member C21
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / Hydroxysteroid Dehydrogenase / Ternary Complex / Hexestrol / Lipid metabolism / NADP / Phosphoprotein / Steroid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / RA biosynthesis pathway / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Retinoid metabolism and transport / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Prednisone ADME ...Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / RA biosynthesis pathway / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / Retinoid metabolism and transport / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Prednisone ADME / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / steroid biosynthetic process / lithocholic acid binding / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / NADP+ binding / steroid metabolic process / NADPH binding / steroid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-HXS / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dhagat, U. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of the G225P/G226P mutant of mouse 3(17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (AKR1C21) ternary complex: implications for the binding of inhibitor and substrate.
著者: Dhagat, U. / Endo, S. / Mamiya, H. / Hara, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2008年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32019年11月13日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C21
B: Aldo-keto reductase family 1 member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,42811
ポリマ－74,0092
非ポリマー2,4189
水11,962664
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1755
ポリマ－37,0051
非ポリマー1,1704
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2536
ポリマ－37,0051
非ポリマー1,2485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.108, 102.108, 72.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 323 / Label seq-ID: 1 - 323

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C21 / 17-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha-HSD / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / ...17-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha-HSD / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / Dihydrodiol dehydrogenase type 1 / DD1 / Dihydrodiol dehydrogenase type 3 / DD3


分子量: 37004.707 Da / 分子数: 2 / 変異: G225P, G226P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Akr1c21 / プラスミド: pkk223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: Q91WR5, 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-HXS / 4-[(1R,2S)-1-ethyl-2-(4-hydroxyphenyl)butyl]phenol / ヘキセストロ-ル


分子量: 270.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22O2
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQRES AND THE SEQUENCE DATABASE. THIS IS A VARIANT AT THESE ...THERE ARE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQRES AND THE SEQUENCE DATABASE. THIS IS A VARIANT AT THESE POSITIONS. THR221 IN MOLECULES A AND B MAKES CLOSE CONTACTS WITH THE COENZYME RESULTING IN A DEVIATION IN CHIRALITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes, 10% PEG l6000, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月17日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 46728 / Num. obs: 46635 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.01 % / Rmerge(I) obs: 0.0392 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.3672 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2p5n

2p5n


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.418 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25611 2487 5.1 %RANDOM
Rwork0.19733 ---
obs0.20028 46635 99.85 %-
all-46728 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å2-0.41 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5196 0 156 664 6016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0225600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7132.0017616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.9495678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92724.263251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59815987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9391530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22566
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23728
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.53432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24525360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99232532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9314.52241
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2619 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.230.5
medium thermal0.412
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 191 -
Rwork0.32 3451 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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