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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cv3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of GumK mutant D157A in complex with UDP | ||||||
![]() | Glucuronosyltransferase GumK | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glucuronosyltransferase / glycosyltransferase / xanthan / Xanthomonas campestris / UDP / UDPGlcA | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-Man-alpha-(1->3)-D-Glc-beta-(1->4)-D-Glc-alpha-1-diphosphoundecaprenol 2-beta-glucuronosyltransferase / glucuronosyltransferase activity / polysaccharide biosynthetic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barreras, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of GumK, a membrane-associated glucuronosyltransferase. 著者: Barreras, M. / Salinas, S.R. / Abdian, P.L. / Kampel, M.A. / Ielpi, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 808.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 817.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45291.426 Da / 分子数: 1 / 変異: D157A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: gumK / プラスミド: pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 35% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M LiCl, pH 8.2, hanging drop and soaking of crystals in UDPGlcA 10 mM, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月1日 / 詳細: beam focused by a cilindrically curved mirror |
放射 | モノクロメーター: Silicium curved crystal, with asymmetric 7.25 angle cut プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.433 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→17.46 Å / Num. obs: 35644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 10.1 / Num. unique all: 5131 / Rsym value: 0.297 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2HY7 解像度: 2.25→17.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.864 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
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