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万見
- PDB-3cv2: Atomic Resolution Structures of Escherichia coli and Bacillis ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cv2
タイトルAtomic Resolution Structures of Escherichia coli and Bacillis anthracis Malate Synthase A: Comparison with Isoform G and Implications for Structure Based Drug Design
要素Malate synthase A
キーワードTRANSFERASE / malate synthase / TIM barrel / Cytoplasm / Glyoxylate bypass / Tricarboxylic acid cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate synthase A / Malate synthase, conserved site / Malate synthase signature. / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains ...Malate synthase A / Malate synthase, conserved site / Malate synthase signature. / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / : / : / Malate synthase, TIM barrel domain / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / OXALATE ION / Malate synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lohman, J.R. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Atomic resolution structures of Escherichia coli and Bacillus anthracis malate synthase A: comparison with isoform G and implications for structure-based drug discovery
著者: Lohman, J.R. / Olson, A.C. / Remington, S.J.
履歴
登録2008年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase A
B: Malate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2389
ポリマ－120,4542
非ポリマー1,7847
水20,7891154
1
A: Malate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1315
ポリマ－60,2271
非ポリマー9044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Malate synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1074
ポリマ－60,2271
非ポリマー8803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.202, 71.475, 103.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Malate synthase A / MSA


分子量: 60227.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TEV cleavable / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aceB, mas / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P08997, malate synthase
#2: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M PIPES pH 6.5, 0.1M ammonium sulfate, 27% PEG 8K. Data collected 3 months after set-up, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月6日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 229489 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→25.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.704 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19981 10530 5 %RANDOM
Rwork0.16994 ---
obs0.17144 198569 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20.01 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8430 0 77 1156 9663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.96111879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.909314345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.41551093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.98124.01414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.657151471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.481563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.26394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.24364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24371
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2240.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0561.55420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4891.52139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51328571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11633719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9464.53287
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.953316390
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.48331159
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.059314390
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 750 -
Rwork0.285 14102 -
obs-14102 94.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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