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- PDB-3cui: Cellulomonas fimi Xylanase/Cellulase Cex (Cf Xyn10A) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cui
タイトルCellulomonas fimi Xylanase/Cellulase Cex (Cf Xyn10A) in complex with sulfur substituted beta-1,4 xylotetraose
要素Exo-beta-1,4-glucanase
キーワードHYDROLASE / CEX / XYLANASE / Isofagomine inhibitor / TIM BARREL / CELLULOSE DEGRADATION / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / polysaccharide binding / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. ...Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
thio-xylotetraose / Exoglucanase/xylanase / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas fimi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kuntz, D.A. / Saul, M. / Rose, D.R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Probing the binding sites of Family 10 and 11 Xylanases with extended Oligosaccharides
著者: Poon, D.K.Y. / D'Angelo, I.D. / Kuntz, D.A. / Kantner, T. / Ludkiwzek, M.L. / Tarling, C. / Rose, D.R. / Saul, M. / McIntosh, L.P. / Withers, S.G.
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exo-beta-1,4-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8622
ポリマ－34,2671
非ポリマー5951
水8,485471
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.700, 85.700, 78.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-451-

HOH

21A-622-

HOH

31A-743-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Exo-beta-1,4-glucanase / E.C.3.2.1.8 / Cellulomonas fimi Family 10 Xylanase/Cellulase / beta 1 / 4 endo-xylanase / Cex / Cf Xyn10A


分子量: 34267.148 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 43-357 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellulomonas fimi (バクテリア) / 遺伝子: cex / プラスミド: pUC12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59277, UniProt: P07986*PLUS, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio- ...beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose / thio-xylotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 594.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: thio-xylotetraose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,4,3/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1*S*_b4-c1*S*_c4-d1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp4SH]{[(4+S)][b-D-Xylp4SH]{[(4+S)][b-D-Xylp4SH]{[(4+S)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 58181 / Num. obs: 58006 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 3.503 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.4210.30.83828711.59100
1.42-1.4511.50.70928441.563100
1.45-1.4811.60.6128741.59100
1.48-1.5111.70.50328481.696100
1.51-1.5411.80.4528782.021100
1.54-1.5811.90.37928801.76999.9
1.58-1.6212.10.34228481.86399.7
1.62-1.6612.30.28728702.16499.6
1.66-1.7112.50.25528612.27299.4
1.71-1.7612.60.2228882.38999.5
1.76-1.8312.70.19128862.52199.8
1.83-1.912.90.16728922.841100
1.9-1.9913.20.14929253.05899.9
1.99-2.0913.60.1328913.576100
2.09-2.2214.20.11829364.14100
2.22-2.3914.80.1129354.419100
2.39-2.63150.1034.519100
2.63-3.0214.90.0966.28699.9
3.02-3.812.30.08829816.69299.4
3.8-309.70.093306912.45596.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EXO

2exo


解像度: 1.5→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.091 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.167 2852 6 %RANDOM
Rwork0.133 ---
obs0.135 47481 99.57 %-
all-47672 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 37 472 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.953470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8025327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65924.59122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7315390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1481514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0091.51622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4122517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13731063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9494.5947
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.19832685
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.3853478
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.82732481
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.195 240 -
Rwork0.122 3203 -
all-3443 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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