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- PDB-3cue: Crystal structure of a TRAPP subassembly activating the Rab Ypt1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cue
タイトルCrystal structure of a TRAPP subassembly activating the Rab Ypt1p
要素
  • (Transport protein particle ...) x 4
  • GTP-binding protein YPT1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / membrane traffic / GEF / tethering complex / Rab activation / guanine nucleotide exchange factor / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Transport / Lipoprotein / Palmitate / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / TRAPPI protein complex / RAB geranylgeranylation / Golgi vesicle budding / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex ...pre-mRNA catabolic process / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / TRAPPI protein complex / RAB geranylgeranylation / Golgi vesicle budding / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-mediated vesicle transport / SNARE complex disassembly / COPII-coated vesicle budding / cis-Golgi network membrane / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / intra-Golgi vesicle-mediated transport / cis-Golgi network / Golgi stack / endocytic recycling / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / phagophore assembly site / retrograde transport, endosome to Golgi / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / SNARE complex assembly / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / chromosome organization / Neutrophil degranulation / endomembrane system / SNARE binding / macroautophagy / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / : ...Beta-Lactamase - #70 / Trafficking protein particle complex subunit 3 / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / : / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Beta-Lactamase / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / GTP-binding protein YPT1 / Trafficking protein particle complex subunit BET3 / Trafficking protein particle complex subunit 31 / Trafficking protein particle complex subunit BET5 / Trafficking protein particle complex subunit 23
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Cai, Y. / Reinisch, K.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: The structural basis for activation of the Rab Ypt1p by the TRAPP membrane-tethering complexes.
著者: Cai, Y. / Chin, H.F. / Lazarova, D. / Menon, S. / Fu, C. / Cai, H. / Sclafani, A. / Rodgers, D.W. / De La Cruz, E.M. / Ferro-Novick, S. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transport protein particle 23 kDa subunit
B: Transport protein particle 31 kDa subunit
C: Transport protein particle 18 kDa subunit
D: Transport protein particle 22 kDa subunit
E: Transport protein particle 22 kDa subunit
F: GTP-binding protein YPT1
G: Transport protein particle 23 kDa subunit
H: Transport protein particle 31 kDa subunit
I: Transport protein particle 18 kDa subunit
J: Transport protein particle 22 kDa subunit
K: Transport protein particle 22 kDa subunit
L: GTP-binding protein YPT1
M: Transport protein particle 23 kDa subunit
N: Transport protein particle 31 kDa subunit
O: Transport protein particle 18 kDa subunit
P: Transport protein particle 22 kDa subunit
Q: Transport protein particle 22 kDa subunit
R: GTP-binding protein YPT1
S: Transport protein particle 23 kDa subunit
T: Transport protein particle 31 kDa subunit
U: Transport protein particle 18 kDa subunit
V: Transport protein particle 22 kDa subunit
W: Transport protein particle 22 kDa subunit
X: GTP-binding protein YPT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)571,60128
ポリマ－570,57624
非ポリマー1,0264
水00
1
A: Transport protein particle 23 kDa subunit
B: Transport protein particle 31 kDa subunit
C: Transport protein particle 18 kDa subunit
D: Transport protein particle 22 kDa subunit
E: Transport protein particle 22 kDa subunit
F: GTP-binding protein YPT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9007
ポリマ－142,6446
非ポリマー2561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14980 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area46490 Å2
手法PISA
2
G: Transport protein particle 23 kDa subunit
H: Transport protein particle 31 kDa subunit
I: Transport protein particle 18 kDa subunit
J: Transport protein particle 22 kDa subunit
K: Transport protein particle 22 kDa subunit
L: GTP-binding protein YPT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9007
ポリマ－142,6446
非ポリマー2561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15010 Å2
ΔGint-81.9 kcal/mol
Surface area46640 Å2
手法PISA
3
M: Transport protein particle 23 kDa subunit
N: Transport protein particle 31 kDa subunit
O: Transport protein particle 18 kDa subunit
P: Transport protein particle 22 kDa subunit
Q: Transport protein particle 22 kDa subunit
R: GTP-binding protein YPT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9007
ポリマ－142,6446
非ポリマー2561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15020 Å2
ΔGint-82.3 kcal/mol
Surface area46660 Å2
手法PISA
4
S: Transport protein particle 23 kDa subunit
T: Transport protein particle 31 kDa subunit
U: Transport protein particle 18 kDa subunit
V: Transport protein particle 22 kDa subunit
W: Transport protein particle 22 kDa subunit
X: GTP-binding protein YPT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,9007
ポリマ－142,6446
非ポリマー2561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15000 Å2
ΔGint-82.1 kcal/mol
Surface area46690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.120, 115.400, 290.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Transport protein particle ... , 4種, 20分子 AGMSBHNTCIOUDEJKPQVW

#1: タンパク質
Transport protein particle 23 kDa subunit / TRAPP 23 kDa subunit


分子量: 24889.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS23 / プラスミド: pETDuet-1, pCOLADuet-1, pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q03784
#2: タンパク質
Transport protein particle 31 kDa subunit / TRAPP 31 kDa subunit


分子量: 31755.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS31 / プラスミド: pETDuet-1, pCOLADuet-1, pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q03337
#3: タンパク質
Transport protein particle 18 kDa subunit / TRAPP 18 kDa subunit


分子量: 18453.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BET5 / プラスミド: pETDuet-1, pCOLADuet-1, pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q03630
#4: タンパク質
Transport protein particle 22 kDa subunit / TRAPP 22 kDa subunit


分子量: 22152.445 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BET3 / プラスミド: pETDuet-1, pCOLADuet-1, pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P36149

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 FLRX

#5: タンパク質
GTP-binding protein YPT1 / TRAPP 22 kDa subunit


分子量: 23240.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YPT1, YP2 / プラスミド: pETDuet-1, pCOLADuet-1, pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P01123
#6: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / Rab GTPase YPT1 / Transport GTPase YPT1 / Protein YP2 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3-5% PEG 20,000, 0.1 M MES, 3% (w/v) sorbitol, 5 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795, 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月7日
放射モノクロメーター: single crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.95371
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. all: 81195 / Num. obs: 81195 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 7251 / Rsym value: 0.368 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.7→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 5561 -7% set aside by the thin shell method
Rwork0.265 ---
all0.269 81195 --
obs0.265 81195 98.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32708 0 68 0 32776
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.84
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.72 Å /
Rfactor反射数
Rfree0 0
Rwork0.383 -
obs-1472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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