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万見
- PDB-3cu5: Crystal structure of a two component transcriptional regulator Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cu5
タイトルCrystal structure of a two component transcriptional regulator AraC from Clostridium phytofermentans ISDg
要素Two component transcriptional regulator, AraC family
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / transcriptional regulator / AraC / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain ...: / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Homeobox-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stage 0 sporulation protein A homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium phytofermentans ISDg (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a two component transcriptional regulator AraC from Clostridium phytofermentans ISDg.
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Meyer, A. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two component transcriptional regulator, AraC family
B: Two component transcriptional regulator, AraC family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3212
ポリマ－32,3212
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Two component transcriptional regulator, AraC family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1611
ポリマ－16,1611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Two component transcriptional regulator, AraC family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1611
ポリマ－16,1611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.326, 87.038, 52.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Two component transcriptional regulator, AraC family


分子量: 16160.503 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-131 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium phytofermentans ISDg (バクテリア)
生物種: Clostridium phytofermentans / 株: ISDg / DSM 18823 / 遺伝子: Cphy_0579 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A9KIW7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.8 M Tri-ammonium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.3 % / Av σ(I) over netI: 7.7 / 数: 55666 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.71 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16975 / % possible obs: 85.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.310.0612.5123.8
4.275.3899.910.0782.683.9
3.734.2710010.1012.2023.9
3.393.7310010.1221.6143.9
3.153.3910010.1761.1323.7
2.963.1599.510.2180.9473.3
2.822.9692.810.2620.8012.7
2.692.8275.710.3220.8412.2
2.592.6955.310.3530.7471.7
2.52.5936.410.4070.8731.4
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 16975 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.713 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.591.40.4077270.873136.4
2.59-2.691.70.35310880.747155.3
2.69-2.822.20.32215230.841175.7
2.82-2.962.70.26217830.801192.8
2.96-3.153.30.21819890.947199.5
3.15-3.393.70.17619811.1321100
3.39-3.733.90.12219831.6141100
3.73-4.273.90.10119662.2021100
4.27-5.383.90.07819642.68199.9
5.38-503.80.06119712.512199.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 29.312 / SU ML: 0.309 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 395 4.6 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.189 8565 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å20.82 Å2
2--0.16 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2020 0 0 95 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0981.9832774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.7495250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.3825.52196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.90615389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.9591512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2273.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.854502060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it14.25250784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0614.5714
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 15 -
Rwork0.244 395 -
all-410 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7511-0.0806-1.33925.8884-0.43264.56020.02890.24270.2684-0.13630.07040.0771-0.2744-0.2829-0.09930.1564-0.0104-0.03080.26830.04290.25119.915159.0816-8.68
23.15190.75560.09412.7321-0.16753.9482-0.01690.0113-0.0910.0884-0.00550.13880.1901-0.11490.02240.19280.0043-0.02080.1806-0.01260.1919-3.955446.770315.5149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1312 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1302 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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