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万見
- PDB-3ctv: Crystal structure of central domain of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ctv
タイトルCrystal structure of central domain of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Archaeoglobus fulgidus
要素3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / APC7539 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Fatty acid metabolism / Lipid metabolism / Lyase / Multifunctional enzyme / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


(3S)-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / isomerase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (Hbd-10)
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of central domain of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase from Archaeoglobus fulgidus.
著者: Osipiuk, J. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2652
ポリマ－12,1691
非ポリマー961
水543
1
A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5304
ポリマ－24,3372
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_656-x+3/2,y,-z+11
Buried area2030 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area9730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.464, 101.464, 101.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / Hbd-10


分子量: 12168.692 Da / 分子数: 1 / 断片: Central domain: Residues 295-400 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM 4304 / VC-16 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_2273 / プラスミド: Modified pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28011
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月30日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→32.1 Å / Num. all: 6516 / Num. obs: 6516 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.52 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.852 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 541 / Χ2: 0.936 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→32.1 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANALYSIS OF THE DIFFRACTION DATA INDICATED HEMIHEDERAL TWINNING WITH A TWIN FRACTION OF 0.317 AND WITH A TWIN LAW OF K,H,-L.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 299 -Random
Rwork0.1935 ---
all-6097 --
obs-6097 98.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.624 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→32.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数721 0 5 3 729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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