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- PDB-3ctr: Crystal structure of the RRM-domain of the poly(A)-specific ribon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ctr
タイトルCrystal structure of the RRM-domain of the poly(A)-specific ribonuclease PARN bound to m7GTP
要素Poly(A)-specific ribonuclease PARN
キーワードHYDROLASE / PARN / Protein-RNA-complex / m7G-cap / m7GTP / RNA recognition motif / RRM / Exonuclease / Magnesium / Metal-binding / Nonsense-mediated mRNA decay / Nuclease / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / cation binding / RNA modification / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / telomerase RNA stabilization / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body ...priRNA 3'-end processing / siRNA 3'-end processing / cation binding / RNA modification / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / telomerase RNA stabilization / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / miRNA catabolic process / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / female gamete generation / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / nuclease activity / Deadenylation of mRNA / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / mRNA 3'-UTR binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / postsynapse / nuclear speck / glutamatergic synapse / nucleolus / protein kinase binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(A)-specific ribonuclease, RNA-binding / PARN, R3H domain / : / RNA binding domain / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain ...Poly(A)-specific ribonuclease, RNA-binding / PARN, R3H domain / : / RNA binding domain / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Poly(A)-specific ribonuclease PARN
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Monecke, T. / Schell, S. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the RRM domain of poly(A)-specific ribonuclease reveals a novel m(7)G-cap-binding mode.
著者: Monecke, T. / Schell, S. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月6日Group: Data collection
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3602
ポリマ－11,8221
非ポリマー5381
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN
ヘテロ分子

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN
ヘテロ分子

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN
ヘテロ分子

A: Poly(A)-specific ribonuclease PARN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4428
ポリマ－47,2894
非ポリマー2,1534
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area9560 Å2
ΔGint-53.8 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.107, 81.107, 78.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-557-

HOH

詳細The asymmentric unit contains one monomer representing the functional m7G-cap binding motif (RRM) of PARN

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要素

#1: タンパク質 Poly(A)-specific ribonuclease PARN / Polyadenylate-specific ribonuclease / Deadenylating nuclease / Deadenylation nuclease


分子量: 11822.170 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-recognition-motif of PARN (residues 445-540) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This vector additionally introduces the amino acid sequence gplgs before the N-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARN, DAN / プラスミド: pGEX-6P-PARN3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE3) / 参照: UniProt: O95453, poly(A)-specific ribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2 M LiSO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A11.078
シンクロトロンBESSY 14.220.9778, 0.97861, 0.91841
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2007年3月28日mirrors
MAR CCD 165 mm2CCD2007年4月18日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Fixed exit double crystal Si-111, horizontally focussingSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Monochromator Si-111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0781
20.97781
30.978611
40.918411
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 7925 / Num. obs: 7918 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.6 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 67.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / Num. unique all: 776 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.168 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24287 382 4.9 %RANDOM
Rwork0.20959 ---
all0.21124 7466 --
obs0.21124 7448 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.363 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.83 Å20 Å20 Å2
2---1.83 Å20 Å2
3---3.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数602 0 33 69 704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022654
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.998898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.203574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.77724.82829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8231598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.778151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.5384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.512604
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0073336
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2074.5294
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 26 -
Rwork0.249 509 -
obs-509 99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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