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万見
- PDB-3ctk: Crystal structure of the type 1 RIP bouganin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ctk
タイトルCrystal structure of the type 1 RIP bouganin
要素rRNA N-glycosidase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta protein
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
rRNA N-glycosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bougainvillea spectabilis (イカダカズラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fermani, S. / Tosi, G. / Falini, G. / Ripamonti, A. / Farini, V. / Bolognesi, A. / Polito, L.
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure/function studies on two type 1 ribosome inactivating proteins: Bouganin and lychnin.
著者: Fermani, S. / Tosi, G. / Farini, V. / Polito, L. / Falini, G. / Ripamonti, A. / Barbieri, L. / Chambery, A. / Bolognesi, A.
#1: ジャーナル: Br.J.Haematol. / 年: 2000
タイトル: In vitro anti-tumour activity of anti-CD80 and anti-CD86 immunotoxins containing type 1 ribosome-inactivating proteins
著者: Bolognesi, A. / Polito, L. / Tazzari, P.L. / Lemoli, R.L. / Lubelli, C. / Fogli, M. / Boon, L. / De Boer, M. / Stirpe, F.
#2: ジャーナル: Planta / 年: 1997
タイトル: New ribosome-inactivating proteins with polynucleotide:adenosine glycosidase and antiviral activities from Basella rubra l. and Bougainvillea spectabilis willd
著者: Bolognesi, A. / Polito, L. / Olivieri, F. / Valbonesi, P. / Barbieri, L. / Battelli, M.G. / Carusi, M.V. / Benvenuto, E. / Del Vecchio Blanco, F. / Di Maro, A. / Di Loreto, M. / Stirpe, F.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年5月27日ID: 1WUC
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N-glycosidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7981
ポリマ－27,7981
非ポリマー00
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.838, 77.501, 79.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 rRNA N-glycosidase / E.C.3.2.2.22 / Ribosome inactivating protein / RIP


分子量: 27797.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bougainvillea spectabilis (イカダカズラ)
器官: leaves / 参照: UniProt: Q8W4U4, rRNA N-glycosylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 20K, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.33 Å / Num. all: 24262 / Num. obs: 23985 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 2366 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY

解像度: 1.8→35.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1593990.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1150 4.8 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 23750 98.7 %-
all-23947 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.1486 Å2 / ksol: 0.378984 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 0 378 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.112.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 202 5.2 %
Rwork0.191 3666 -
obs-3666 98.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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