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- PDB-3ctb: Tethered PXR-LBD/SRC-1p apoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ctb
タイトルTethered PXR-LBD/SRC-1p apoprotein
要素Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1プレグナンX受容体
キーワードTranscription (転写 (生物学)) / Transferase (転移酵素) / pxr / src-1 (核内受容体コアクチベーター1) / tethered / engineered (工学) / drug-drug interactions / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process ...xenobiotic transport / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / intermediate filament cytoskeleton / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / steroid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / xenobiotic catabolic process / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 授乳 / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / xenobiotic metabolic process / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / male gonad development / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / 細胞分化 / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator ...核内受容体コアクチベーター1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lesburg, C.A.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2008
タイトル: Construction and characterization of a fully active PXR/SRC-1 tethered protein with increased stability
著者: Wang, W. / Prosise, W.W. / Chen, J. / Taremi, S.S. / Le, H.V. / Madison, V. / Cui, X. / Thomas, A. / Cheng, K.C. / Lesburg, C.A.
履歴
登録2008年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1
B: Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3682
ポリマ－78,3682
非ポリマー00
水6,413356
1
A: Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1841
ポリマ－39,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1841
ポリマ－39,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-13.2 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.240, 89.240, 105.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pregnane X receptor, Linker, Steroid receptor coactivator 1 / プレグナンX受容体 / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PXR / Orphan nuclear ...Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PXR / Orphan nuclear receptor PAR1 / Steroid and xenobiotic receptor / SXR / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52


分子量: 39184.035 Da / 分子数: 2
断片: PXR, residues 130-434, linker, SRC-1, residues 678-700
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: THE PEPTIDE FROM STEROID RECEPTOR COACTIVATOR 1 WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN).
遺伝子: NR1I2, PXR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75469, UniProt: Q15788, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water / Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / SRC-1 / RIP160 / Protein Hin-2 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 10-30% MPD or isopropanol, 100 mM imidazole, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月26日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 54259 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.58 % / Biso Wilson estimate: 44.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.49 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5082 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT1.3.1精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1nrl

1nrl


解像度: 2→45.31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2713 5.01 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
all0.2064 54906 --
obs0.2064 54169 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0879694 Å20 Å20 Å2
2---1.58121524 Å20 Å2
3----0.50675416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2555 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4700 0 0 356 5056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01148242
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.14964672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.89110810
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011172
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0166855
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.874482420
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.068685
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2446 410 4.87 %
Rwork0.219 8014 -
all22.02 8424 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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