PDB-3csd: Actinorhodin Polyketide Ketoreductase Mutant P94L bound to NADPH ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3csd

タイトル

Actinorhodin Polyketide Ketoreductase Mutant P94L bound to NADPH and the Inhibitor Emodin

要素

Putative ketoacyl reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Antibiotic biosynthesis / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / monocarboxylic acid metabolic process / steroid metabolic process / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Javidpour, P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Actinorhodin Polyketide Ketoreductase Mutant P94L bound to NADPH and the Inhibitor Emodin
著者: Javidpour, P.

履歴

登録	2008年4月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3csd.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3csd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3csd_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3csd_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	3csd_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3csd_validation.cif.gz	34.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ri3-1 2rhr-1 1x7g-1 1w4z-1 2rhc-1 2rh4-1 4dc1-1 4dc0-1 1xr3-1 3qrw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (3)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (3)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (2)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (2)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Putative ketoacyl reductase

A: Putative ketoacyl reductase

ヘテロ分子

61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Putative ketoacyl reductase

A: Putative ketoacyl reductase

ヘテロ分子

B: Putative ketoacyl reductase

A: Putative ketoacyl reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

3

B: Putative ketoacyl reductase

ヘテロ分子

A: Putative ketoacyl reductase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.089, 105.089, 123.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Putative ketoacyl reductase 分子量: 29480.404 Da / 分子数: 2 / 変異: P94L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: A3(2) / 遺伝子: actIII / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P16544, 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-EMO / 3-METHYL-1,6,8-TRIHYDROXYANTHRAQUINONE / EMODIN / エモジン分子量: 270.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
検出器	日付: 2008年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 35974 / % possible obs: 50 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.495 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

解像度: 2.29→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.485 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20749	1795	5 %	RANDOM
R_work	0.17253	-	-	-
obs	0.17431	34136	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0.4 Å²	0 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3752	0	176	182	4110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3991
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.888	2.024	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.607	5	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.885	23	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.063	15	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.915	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.179	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.252	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.315	1.5	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.182	2	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.307	3	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.143	4.5	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.29→2.351 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	117	-
R_work	0.197	2457	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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