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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3crr | ||||||
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タイトル | Structure of tRNA Dimethylallyltransferase: RNA Modification through a Channel | ||||||
![]() | tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / tRNA processing | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA dimethylallyltransferase / tRNA dimethylallyltransferase activity / AMP dimethylallyltransferase activity / tRNA modification / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, R.H. / Xie, W. / Zhou, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of tRNA Dimethylallyltransferase: RNA Modification through a Channel 著者: Xie, W. / Zhou, C. / Huang, R.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 458.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35844.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 119分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/DPO.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-DPO / |
#5: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 6000, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 26281 / Num. obs: 25456 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / FOM work R set: 0.868 / σ(F): 1
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溶媒の処理 | Bsol: 51.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.884 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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