PDB-3cr2: X-ray structure of bovine Zn(2+),Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cr2

タイトル

X-ray structure of bovine Zn(2+),Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Charpentier, T.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Divalent metal ion complexes of S100B in the absence and presence of pentamidine.
著者: Charpentier, T.H. / Wilder, P.T. / Liriano, M.A. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / MacKerell, A.D. / Coop, A. / Toth, E.A. / Weber, D.J.

履歴

登録	2008年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cr2.cif.gz	33.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cr2.ent.gz	22.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3cr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/3cr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cr4C 3cr5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tog-2 1d4s-d 3gk2-1 4pdz-d 5yok-d 4a1g-1 2r3t-d 4jok-d 2f80-d 1mes-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.587, 90.476, 58.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-97- HOH
2	1	A-138- HOH

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10681.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG3350, CaCl2, ZnCl2, Cacodylate buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→45 Å / Num. obs: 7477 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.261 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.88-1.95	5.1	0.359	732	1.157	1	97.1
1.95-2.03	6.5	0.229	759	1.256	1	99.9
2.03-2.12	7	0.174	748	1.378	1	100
2.12-2.23	7.1	0.127	759	1.333	1	100
2.23-2.37	7.1	0.108	766	1.356	1	100
2.37-2.55	7.1	0.084	760	1.227	1	100
2.55-2.81	7.1	0.076	774	1.285	1	100
2.81-3.21	7	0.071	776	1.204	1	99.6
3.21-4.05	6.4	0.051	739	1.185	1	94.3
4.05-45	5.8	0.043	664	1.142	1	78.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	22.73 Å
Translation	2.5 Å	22.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→45.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 11.503 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	344	4.6 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.221	7464	96.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→45.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	714	0	3	51	768

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.945	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.829	5	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.237	26.316	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.38	15	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.076	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	513
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.266	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.109	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.873	1.5	464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.124	2	714
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.003	3	291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.725	4.5	258

LS精密化シェル

解像度: 1.882→1.931 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.467	20	-
R_work	0.311	502	-
all	-	522	-
obs	-	-	91.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.0468	11.6844	-13.0121	52.7404	0.2606	13.7128	-0.3804	-0.0239	-0.3752	0.5331	0.4717	-2.2804	-0.537	2.0453	-0.0914	-0.2329	-0.0159	-0.0301	-0.0527	-0.0409	-0.0746	3.1509	-5.8189	3.1449
2	3.577	-1.0311	1.8703	34.9755	9.2608	5.1481	-0.209	-0.2817	0.1995	0.8121	0.3145	-0.4317	-0.4441	0.3891	-0.1055	-0.0581	-0.0262	-0.0246	-0.0375	-0.0514	-0.2273	-1.809	5.6734	6.6826
3	7.5902	-0.8487	-2.3012	7.7362	0.9065	7.9819	-0.3049	-0.759	0.4696	0.9541	0.4098	0.0461	-0.5184	0.2948	-0.105	-0.0536	0.0103	0.0222	-0.1218	-0.0485	-0.1102	-5.3851	16.6111	4.6417
4	9.148	-3.9348	-1.4316	8.2051	0.3983	3.5526	0.1982	0.2462	-0.0285	-0.5166	-0.1093	0.5266	-0.4401	-0.1813	-0.0889	-0.1275	-0.0097	-0.0166	-0.1962	-0.0219	-0.0608	-10.6505	17.1056	-5.119
5	3.8631	-1.2678	0.5862	17.1273	6.3054	11.0173	-0.1979	-0.6567	-0.0062	1.0775	0.8953	1.2871	-0.0764	0.0205	-0.6974	-0.1725	0.0566	0.1179	-0.1265	0.1318	0.0419	-12.9284	8.8094	3.8166
6	2.2893	-5.5031	-5.1887	24.4172	19.0854	25.9487	0.0162	0.4189	-0.0092	-2.8105	0.9153	0.2062	-1.2677	0.6666	-0.9315	0.2161	-0.3017	-0.0797	0.0572	0.0541	-0.1213	-7.3541	1.5892	-12.1918
7	2.9819	-1.4467	0.3536	4.7105	-0.2262	3.5695	-0.0433	-0.0118	-0.2394	-0.1396	0.2236	0.4525	-0.1366	-0.0077	-0.1804	-0.1023	-0.058	0.0559	-0.1429	0.0336	0.0419	-8.5365	11.7914	-1.9453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 5	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	6 - 16	7 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	17 - 40	18 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	41 - 63	42 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	64 - 78	65 - 79
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A - C	79 - 93	80 - 1
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	E	95 - 145	1 - 51

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