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万見
- PDB-3cpz: Crystal structure of VAR2CSA DBL3x domain in the presence of dode... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cpz
タイトルCrystal structure of VAR2CSA DBL3x domain in the presence of dodecasaccharide of CSA
要素Erythrocyte membrane protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / DBL3x / VAR2CSA / Chondroitin sulphate A (CSA) / pregnancy-associated malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-antigen binding domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain ...Duffy-antigen binding domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Singh, K. / Gittis, A.G. / Nguyen, P. / Gowda, D.C. / Miller, L.H. / Garboczi, D.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the DBL3x domain of pregnancy-associated malaria protein VAR2CSA complexed with chondroitin sulfate A.
著者: Singh, K. / Gittis, A.G. / Nguyen, P. / Gowda, D.C. / Miller, L.H. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2008年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5572
ポリマ－41,4611
非ポリマー961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.520, 86.760, 101.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein 1


分子量: 41460.730 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL3x domain (UNP residues 1220-1580) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: A4 / 遺伝子: var / プラスミド: pLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: Q6UDW7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細LIGAND USED IN THE CRYSTALLIZATION WAS A DODECASSACHARIDE OF CHONDROITIN SULFATE A WHICH IS A ...LIGAND USED IN THE CRYSTALLIZATION WAS A DODECASSACHARIDE OF CHONDROITIN SULFATE A WHICH IS A SULFATED GLYCOSAMINOGLYCAN (GAG) COMPOSED OF A CHAIN OF ALTERNATING SUGARS D-GLUCURONIC ACID BETA (1-3 LINKAGE) AND D-N-ACETYL GALACTOSAMINE BETA (1-4 LINKAGE). THEY ARE SULFATED AT POSITIONS 4 OF N-ACETYL GALACTOSAMINE. ONLY SULFATE WAS MODELED DUE TO LACK OF GOOD ELECTRON DENSITY FOR THE REST OF THE LIGAND.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M sodium HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日 / 詳細: two Double-crystal monochromators Si-111 and Si-220
放射モノクロメーター: Two double-crystal monochromators Si-111 and Si-220
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 9717 / Num. obs: 9572 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -6 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique all: 1427 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CML

3cml


解像度: 2.8→19.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1592007.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.353 772 8.1 %RANDOM
Rwork0.299 ---
obs0.299 9572 98.4 %-
all-9717 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.3502 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 72.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.93 Å20 Å20 Å2
2---26.89 Å20 Å2
3----3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.82 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 5 0 2247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.517 123 7.9 %
Rwork0.407 1427 -
obs-1427 98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3so4.paramso4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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