PDB-3cps: Crystal structure of Cryptosporidium parvum glyceraldehyde-3-phos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cps

タイトル

Crystal structure of Cryptosporidium parvum glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

要素

Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GAPDH / glycolysis / malaria / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapiro, M. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cryptosporidium parvum glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase.
著者: Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapiro, M. / Bochkarev, A. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Pizarro, J. / Hills, T.

履歴

登録	2008年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cps.cif.gz	145.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cps.ent.gz	113.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cps_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cps_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3cps_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	3cps_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/3cps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b4rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dd4-2 6dd4-4 4mvj-4 6ggh-1 6io6-d 6rsd-1 6rsd-2 1vc2-d 5hx8-2 6vxu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

77.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.830, 135.220, 67.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.800, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	B-533- HOH

#1: タンパク質	Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38059.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa II (小形クリプトスポリジウム) 生物種: Cryptosporidium parvum / 株: Iowa type II / 遺伝子: cgd6_3790 / プラスミド: p15-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q5CWT6
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Tri-lithium citrate, 25% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 55840 / Num. obs: 55840 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.127 / R_sym value: 0.097 / Χ²: 1.072 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 5528 / R_sym value: 0.638 / Χ²: 0.717 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	33.09 Å
Translation	2.5 Å	33.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2B4R

2b4r

解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 9.673 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	2817	5.1 %	RANDOM
R_work	0.239	-	-	-
all	0.242	55480	-	-
obs	0.242	55480	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.613 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.54 Å²	0 Å²	1.33 Å²
2-	-	-1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4959	0	88	367	5414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.988	7003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.135	5	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.09	25.263	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.085	15	838
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.17	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.219	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.473	1.5	3383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.685	2	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.282	3	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.776	4.5	1680

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	188	-
R_work	0.309	3854	-
all	-	4042	-
obs	-	5528	99.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.722	-1.6408	-1.7634	2.5072	0.3287	1.4976	-0.1549	-0.3373	-0.1227	0.4119	0.1549	0.1494	0.1065	0.0721	0	0.0419	0.0151	-0.0003	-0.0133	0.0276	-0.0702	23.687	89.179	20.287
2	1.531	0.8173	-0.6603	2.4087	-0.4295	0.8431	-0.0253	-0.074	0.0372	0.1495	0.0445	0.3456	0.0696	-0.0947	-0.0192	0.0186	0.0388	0.0016	-0.0174	0.0032	-0.0627	18.592	104.305	18.234
3	0.0075	-0.0273	0.0339	3.178	1.8653	1.4373	-0.0161	-0.0111	0.0249	-0.135	-0.1188	0.4251	-0.1454	-0.2026	0.1349	-0.0659	0.0137	-0.0485	-0.0104	0.0023	-0.0481	28.845	104.677	0.531
4	1.1869	0.2173	-0.3365	1.6973	-0.1169	0.6401	0.0235	-0.129	0.1168	0.2848	0.0434	-0.0239	-0.154	0.0488	-0.0669	0.0122	0.0219	-0.0289	-0.0449	-0.0106	-0.1059	39.062	109.385	14.846
5	3.0767	-1.5039	1.7149	2.6243	-0.2197	1.1583	-0.258	-0.2677	0.0984	0.3676	0.1268	-0.2148	-0.0875	-0.0355	0.1311	0.0372	0.0402	-0.0831	0.0094	-0.0469	-0.0675	16.509	155.444	20.41
6	1.3692	0.1376	0.0595	3.6336	0.1578	1.7232	-0.0805	-0.1059	0.1095	0.1123	0.0565	-0.5298	-0.1245	0.1936	0.024	-0.0226	0.0412	-0.086	0.0189	-0.0066	0.0029	25.615	143.681	19.637
7	0.259	-0.387	0.0188	1.3042	-0.3746	0.6353	-0.0424	-0.0694	-0.0835	0.0793	0.0242	-0.008	0.0975	0.0304	0.0182	-0.0227	0.0061	-0.0263	-0.0412	-0.0018	-0.0902	3.671	135.497	8.996
8	1.8774	0.4556	0.9373	0.8534	0.6683	1.6294	0.1178	-0.1915	-0.0916	0.1093	0.0272	-0.1148	0.0882	-0.0226	-0.145	-0.0403	0.0153	-0.0092	-0.0558	0.0172	-0.1001	7.719	136.086	16.762

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 73	18 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	74 - 189	74 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	190 - 248	190 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	249 - 354	249 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	18 - 73	18 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	74 - 167	74 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	168 - 319	168 - 319
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	320 - 354	320 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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