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- PDB-3coq: Structural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3coq
タイトルStructural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')
  • Regulatory protein GAL4
キーワードTranscription/DNA / helix bundle / Protein-DNA complex / zinc binuclear cluster / Activator / Carbohydrate metabolism / DNA-binding / Galactose metabolism / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / galactose metabolic process / transcription repressor complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain ...Gal4 dimerisation domain / Gal4-like dimerisation domain / : / Fungal specific transcription factor domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Transcription factor domain, fungi / Fungal specific transcription factor domain / CD2-Gal4 / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein GAL4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Hong, M. / Fitzgerald, M.X. / Harper, S. / Luo, C. / Speicher, D.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for dimerization in DNA recognition by gal4.
著者: Hong, M. / Fitzgerald, M.X. / Harper, S. / Luo, C. / Speicher, D.W. / Marmorstein, R.
履歴
登録2008年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_entity_src_syn / software
Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')
A: Regulatory protein GAL4
B: Regulatory protein GAL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6219
ポリマ－33,2414
非ポリマー3805
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-70.8 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.495, 40.829, 90.418
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.880, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')


分子量: 6144.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DGP*DTP*DCP*DCP*DTP*DCP*DCP*DGP*DG)-3')


分子量: 6126.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Regulatory protein GAL4


分子量: 10484.505 Da / 分子数: 2
Fragment: DNA binding domain with complete dimerization domain
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GAL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04386

-
非ポリマー , 3種, 38分子

#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 40mM Mg(OAc)2, 25mM sodium phosphate, 5% PEG400, 5% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Mg(OAc)211
2sodium phosphate11
3PEG40011
4MPD11
5Mg(OAc)212
6sodium phosphate12
7PEG40012
8MPD12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.2823,1.2830,1.2448
シンクロトロンCHESS F12
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28231
21.2831
31.24481
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 18311 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Num. unique all: 1758 / Χ2: 0.963 / % possible all: 97

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
SOLVE位相決定
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 21.794 / SU ML: 0.227 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.457 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1304 9.3 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.213 14040 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.23 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 814 12 33 2313
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0222391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3372.4323380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3185176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99523.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.66615330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7431514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3410.21527
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6041.5933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63221446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.05331933
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4564.51934
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 96 -
Rwork0.386 889 -
all-985 -
obs--92.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9151-1.2409-1.63910.8944-0.18133.66020.00840.3831-0.47620.3413-0.3943-0.14640.2909-0.26950.38590.0046-0.018-0.0243-0.40230.01190.088626.554711.482119.8274
22.6633-1.131.56991.8362-1.16334.13810.01390.25030.42750.3904-0.45590.08-0.3453-0.01350.4420.00990.0420.0188-0.272-0.03880.02529.431529.8245119.8894
38.347-2.9739-0.12012.970.16230.94130.26891.2570.1994-0.0638-0.4235-0.11650.0590.11430.1545-0.16070.2189-0.0140.28170.1032-0.234919.86921.5164100.909
46.9143-3.29030.88843.31320.19240.84880.26751.11530.1416-0.1083-0.36820.05240.02350.02110.1008-0.16760.18640.03110.29450.0468-0.252916.153122.3954100.8826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 20
4X-RAY DIFFRACTION4E21 - 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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