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- PDB-3co6: Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE1 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3co6
タイトルCrystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE1 DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DG)-3')
  • Forkhead box protein O1
キーワードTranscription/DNA / winged helix / forkhead domain / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Transcription / Transcription regulation / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...cellular response to hyperoxia / regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / AKT phosphorylates targets in the nucleus / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / response to fatty acid / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to cold / protein acetylation / temperature homeostasis / negative regulation of fat cell differentiation / blood vessel development / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / fat cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / Regulation of localization of FOXO transcription factors / canonical Wnt signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of insulin secretion / energy homeostasis / positive regulation of autophagy / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to nitric oxide / protein phosphatase 2A binding / cellular response to starvation / promoter-specific chromatin binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / autophagy / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of protein catabolic process / insulin receptor signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...: / FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein O1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brent, M.M. / Anand, R. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for DNA Recognition by FoxO1 and Its Regulation by Posttranslational Modification.
著者: Brent, M.M. / Anand, R. / Marmorstein, R.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')
C: Forkhead box protein O1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1005
ポリマ－21,0253
非ポリマー762
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-43.2 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.518, 76.440, 102.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DGP*DTP*DTP*DTP*DGP*DTP*DTP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DG)-3')


分子量: 4901.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DAP*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DCP*DA)-3')


分子量: 4893.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Forkhead box protein O1 / Forkhead box protein O1A / Forkhead in rhabdomyosarcoma


分子量: 11230.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXO1, FKHR, FOXO1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12778

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非ポリマー , 3種, 167分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 22% PEG 4000, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月13日
放射モノクロメーター: Si (111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 15307 / Num. obs: 15307 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.184.90.3415211.063100
2.18-2.264.90.26914861.06999.8
2.26-2.374.90.23315031.078100
2.37-2.494.90.17915341.053100
2.49-2.654.90.14415201.079100
2.65-2.854.90.11115051.024100
2.85-3.144.90.08215321.047100
3.14-3.594.80.05715441.01499.9
3.59-4.524.80.05915441.03599.9
4.52-304.50.05616181.07699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / FOM work R set: 0.817 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1474 9.6 %
Rwork0.211 --
obs-14606 95.2 %
溶媒の処理Bsol: 61.944 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 39.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.947 Å20 Å20 Å2
2--14.156 Å20 Å2
3----9.209 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 650 2 165 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9932
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0142.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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