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- PDB-3co5: Crystal structure of sigma-54 interaction domain of putative tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3co5
タイトルCrystal structure of sigma-54 interaction domain of putative transcriptional response regulator from Neisseria gonorrhoeae
要素Putative two-component system transcriptional response regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / structural genomics / APC89341.1 / Sigma-54 interaction domain / transcriptional response regulator / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain / Sigma-54 interaction domain profile. / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Sigma-54 interaction domain / Sigma-54 interaction domain profile. / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Nitrogen assimilation regulatory protein NtrX
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Hendricks, R. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of Sigma-54 interaction domain of putative transcriptional response regulator from Neisseria gonorrhoeae.
著者: Osipiuk, J. / Hendricks, R. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative two-component system transcriptional response regulator
B: Putative two-component system transcriptional response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4534
ポリマ－31,2972
非ポリマー1562
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-17.3 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.963, 67.963, 64.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Putative two-component system transcriptional response regulator


分子量: 15648.303 Da / 分子数: 2 / 断片: Sigma-54 interaction domain: Residues 133-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: FA 1090 / 遺伝子: NGO1866 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5F5Q1
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate, 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月31日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30.2 Å / Num. all: 13120 / Num. obs: 13120 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.485 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.837 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique all: 1312 / Χ2: 0.932 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 17.93 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Significant deviation of omega angles for peptide bonds between residues 252 and 253 in both chains are probably caused by the presence of disulfide bonds between cysteines 242 and 253 and tight loops 242-253.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 644 4.9 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.206 13111 --
obs0.206 13111 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 8 25 2064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222074
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9692801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0653.0013487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27623.18288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.53615345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4471518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3220.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3940.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0191.51596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1661.5537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27822119
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1213859
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1434.5682
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 51 -
Rwork0.259 912 -
all-963 -
obs-963 99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
126.02452.5697-1.047511.2943-2.11565.4295-0.39551.74371.7561-0.7433-0.19631.6303-1.2394-0.36480.59180.25870.2169-0.0449-0.0847-0.05450.391924.08152.9418-16.3915
22.09960.63820.71462.0843-0.23974.79740.01520.0325-0.12480.0772-0.301-0.17980.12410.21820.28570.0463-0.02350.01450.0337-0.05250.068236.7516-11.9818-10.321
318.0424.0271-2.4431.2014-1.21652.16410.67510.0072-0.10740.4634-0.5755-0.2147-0.431-0.2001-0.09960.0652-0.079-0.00390.0001-0.05880.127936.1541-6.5257-8.7752
427.714218.268119.938318.221213.48222.1554-0.0452-1.64182.44260.3476-1.33453.2590.0844-2.57831.37960.3233-0.09890.18160.3467-0.17470.466422.4845-10.3035-0.9672
51.2798-0.14770.356811.5767.30777.5582-0.41090.741-1.16990.8191-0.71491.32030.5305-1.2741.1258-0.0016-0.00870.07380.1091-0.1840.177624.89112.40638.8676
631.9613-5.2903-5.18329.14281.62525.9746-0.3809-1.0054-2.59540.5006-0.240.98331.5077-0.28430.6210.2345-0.19030.1189-0.1685-0.02140.179824.3315-3.073416.1794
71.8787-1.3786-0.97622.4456-0.53524.2490.0238-0.04420.13280.0182-0.2353-0.2016-0.13860.16980.21150.04750.0178-0.03430.0541-0.05120.048336.746111.971510.2195
83.00291.6851.15821.4306-0.19941.93370.15030.3514-0.698-0.4702-0.3907-0.0420.2984-0.26240.24040.05890.10920.03070.1195-0.11340.171236.12046.51098.6792
949.8733-22.5968-23.619516.25039.811818.6013-0.71711.7655-2.24610.0473-0.78661.55140.2808-1.98381.50370.09710.041-0.13630.3259-0.2475-0.001522.493810.39010.6751
100.336-0.8515-1.12765.27174.20874.3707-0.5007-1.27681.1278-0.8049-0.72110.7255-1.111-1.57421.22180.01390.1062-0.13610.1035-0.24760.148824.8659-2.4632-8.9651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA137 - 1558 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2AA156 - 23127 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3AA232 - 245103 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4AA246 - 260117 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5AA261 - 272132 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6BB138 - 1559 - 26
7X-RAY DIFFRACTION7BB156 - 23127 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8BB232 - 245103 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9BB246 - 260117 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10BB261 - 271132 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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