+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3co4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a chitinase from Bacteroides thetaiotaomicron | ||||||
![]() | Chitinase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Chitinase / Tim-barrel / 11092m / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Glycosidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Damodharan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a chitinase from Bacteroides thetaiotaomicron. 著者: Damodharan, L. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 449.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36728.332 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 47-347 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482 / DSM 2079 / NCTC 10582 / 遺伝子: BT_2825 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-GCS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.4 Na malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月19日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 26139 / Num. obs: 26139 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 34.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2076 / % possible all: 78.3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. 2. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and ...詳細: 1. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. 2. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines. 3. A well defined residual density was modeled as N-glucosamine. It is possible that it is a different sugar molecule.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.0248 Å2 / ksol: 0.382238 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→33.21 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|