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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cnx | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE DEHYDRATASE FROM THE NTF2-LIKE FAMILY (SAV_4671) FROM STREPTOMYCES AVERMITILIS AT 2.10 A RESOLUTION | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | LYASE / PUTATIVE DEHYDRATASE / NTF2-LIKE PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avermitilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of NTF2-like protein of unknown function (NP_825848.1) from Streptomyces avermitilis at 2.10 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cnx.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cnx.ent.gz | 76.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cnx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cnx_validation.pdf.gz | 678.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cnx_full_validation.pdf.gz | 693.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cnx_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cnx_validation.cif.gz | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASP / End label comp-ID: LEU / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 7 - 156 / Label seq-ID: 8 - 157
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詳細 | SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY CONFIRMS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 18368.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 株: DSM 46492 / JCM 5070 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / 遺伝子: NP_825848.1, SAV4671 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q82EE4 |
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-非ポリマー , 8種, 112分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PG6 / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.04 詳細: NANODROP, 34.5% PEG 400, 0.2M Magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.04, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→29.553 Å / Num. obs: 35037 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.671 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 13.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.553 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.083 / SU ML: 0.121 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.162 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION 3. CHLORIDE, MAGNESIUM, PARTIAL PEG(S) AND GLYCEROL WERE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION AND CRYOPROTECTION CONDITIONS. 4. AN UNIDENTIFIED LIGAND (UNL) HAS BEEN TENTATIVELY MODELED AT WHAT APPEARS TO BE PUTATIVE ACTIVE SITE(S) WHICH COULD BE A PROTEASE-LIKE CATALYTIC TRIAD FORMED BY CYS59-HIS150-E109 OR A METAL BINDING SITE FORMED BY HIS61-HIS150-E109.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.351 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.553 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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