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- PDB-3cns: Crystal structure of fms1 in complex with S-Bz-MeSpermidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cns
タイトルCrystal structure of fms1 in complex with S-Bz-MeSpermidine
要素fms1
キーワードOXIDOREDUCTASE / fms1 / polyamine oxidase / N1-benzoyl-1-methylspermidine / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific polyamine oxidase / : / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / : / spermine oxidase activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 ...non-specific polyamine oxidase / : / N(1)-acetylpolyamine oxidase (3-acetamidopropanal-forming) activity / : / spermine oxidase activity / N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity / HDMs demethylate histones / polyamine oxidase activity / spermine catabolic process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / pantothenate biosynthetic process / Estrogen-dependent gene expression / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / chromatin binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #10 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-SP8 / Polyamine oxidase FMS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, Q. / Hao, H.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of fms1 in complex with S-Bz-MeSpermidine
著者: Huang, Q. / Hao, H.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fms1
B: fms1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9856
ポリマ－117,8872
非ポリマー2,0984
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area38130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.280, 215.133, 117.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 fms1 / Fenpropimorph resistance multicopy suppressor 1


分子量: 58943.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: fms1 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50264, EC: 1.5.3.11
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SP8 / N-{(1S)-3-[(4-aminobutyl)amino]-1-methylpropyl}benzamide / S-Bz-MeSpermidine


分子量: 263.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG4000, 0.2M Li2SO4, 0.2M Tris-HCl, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 102054 / Num. obs: 100217 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 14645 / Rsym value: 0.742 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1yy5

1yy5


解像度: 2.4→40 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 5105 10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.223 51096 --
obs0.223 50943 99.7 %-
溶媒の処理Bsol: 46.636 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 47.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.56 Å20 Å20 Å2
2---16.104 Å20 Å2
3---28.664 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7833 0 144 115 8092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.288
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 787 -
Rwork0.29 --
obs-8404 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2fadtmp.param
X-RAY DIFFRACTION3sub7.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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