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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cnr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of PilZ (XAC1133) from Xanthomonas axonopodis pv citri | ||||||
要素 | Type IV fimbriae assembly protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / PilZ / Xanthomonas citri / Type IV pilus assembly | ||||||
機能・相同性 | predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / cyclic-di-GMP binding / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta / Type IV fimbriae assembly protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Guzzo, C.R. / Farah, C.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: PILZ protein structure and interactions with PILB and the FIMX EAL domain: implications for control of type IV pilus biogenesis. 著者: Guzzo, C.R. / Salinas, R.K. / Andrade, M.O. / Farah, C.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cnr.cif.gz | 46.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3cnr.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cnr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cnr_validation.pdf.gz | 411.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3cnr_full_validation.pdf.gz | 414.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cnr_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cnr_validation.cif.gz | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cnr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12677.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: pilZ / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PND9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 24% PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.978294, 0.978581, 0.953724 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月1日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 13687 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 24.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 92.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 8.278 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: Tyrosine 22 in both chains A and B do not present electron density for the side chain hydroxyl group. The occupancy of these OH groups were therefore set to zero. Tyrosine codons for this ...詳細: Tyrosine 22 in both chains A and B do not present electron density for the side chain hydroxyl group. The occupancy of these OH groups were therefore set to zero. Tyrosine codons for this position were confirmed by sequencing.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.861 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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