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万見
- PDB-3cnc: Crystal Structure of Ad16 fiber knob -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cnc
タイトルCrystal Structure of Ad16 fiber knob
要素Fiber protein
キーワードVIRAL PROTEIN / adenovirus fiber knob
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenovirus pIV-related, attachment domain / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 16 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pache, L. / Venkataraman, S. / Nemerow, G.R. / Reddy, V.S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Structural variations in species B adenovirus fibers impact CD46 association
著者: Pache, L. / Venkataraman, S. / Reddy, V.S. / Nemerow, G.R.
履歴
登録2008年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein
D: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6906
ポリマ－144,6906
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Fiber protein
B: Fiber protein
C: Fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3453
ポリマ－72,3453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
2
D: Fiber protein
E: Fiber protein
F: Fiber protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3453
ポリマ－72,3453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-26.9 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.830, 167.830, 262.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Fiber protein / Serotype 16 fiber


分子量: 24114.951 Da / 分子数: 6 / 断片: residues 151-353 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 16 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q67711
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, pH 7.5, 0.7M NaH2PO4 and 0.85M KH2PO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 85182 / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 45.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ad11 fiber knob

解像度: 2.4→49.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100884934.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 4323 5.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.245 85182 99.7 %-
all-85182 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.3183 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.51 Å20 Å20 Å2
2--3.51 Å20 Å2
3----7.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9168 0 0 100 9268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 684 4.9 %
Rwork0.357 13211 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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