PDB-3cn2: Human transthyretin (TTR) in complex with 3,5-Dibromo-4-hydroxybi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cn2

タイトル

Human transthyretin (TTR) in complex with 3,5-Dibromo-4-hydroxybiphenyl

要素

Transthyretin

キーワード

Hormone / Transport protein / Transthyretin / Tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Connelly, S. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Toward optimization of the linker substructure common to transthyretin amyloidogenesis inhibitors using biochemical and structural studies.
著者: Johnson, S.M. / Connelly, S. / Wilson, I.A. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2008年3月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cn2.cif.gz	110.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cn2.ent.gz	86.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cn2_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cn2_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3cn2_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	3cn2_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/3cn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cn0C 3cn1C 3cn3C 3cn4C 2qgb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5boj-1 2qgc-1 4ky2-1 5u4c-1 3cn0-1 2qgd-1 3cn1-1 3tfb-1 4fi8-1 3ims-1 4hjs-1 6r68-1 3nes-1 3imt-1 2qgb-1 4his-1 5jiq-1 4fi6-1 3cn3-1 3esn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.058, 85.215, 64.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-128- LJ3
2	1	A-128- LJ3
3	1	B-128- LJ3
4	1	B-128- LJ3
5	1	B-128- LJ3

#1: タンパク質	Transthyretin / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pmmHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Epicurean Gold / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-LJ3 / 3,5-dibromobiphenyl-4-ol / 3,5-Dibromo-4-hydroxybiphenyl / 3,5-ジブロモビフェニル-4-オ-ル分子量: 327.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈Br₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1. ...詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1.395 M sodium citrate, 3.5% v/v glycerol at pH 5.5. The crystals were frozen using a cryo-protectant solution of 1.395 M sodium citrate, pH 5.5, containing 10% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.99 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The WT-TTR was concentrated to 4 mg/mL in 10 mM NaPi, 100 mM KCl, at pH 7.6 and co-crystallized at room temperature using the vapor diffusion sitting drop method. Crystals were grown from 1. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月24日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→50 Å / Num. obs: 37389 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 18.1 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / Num. unique all: 25064 / R_sym value: 0.203 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→38.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.096 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.197	1859	5 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.167	37259	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→38.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1877	0	30	135	2042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.728	1.961	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.007	3.001	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.047	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.423	24.186	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.535	15	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.381	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.549	1.5	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.988	1.5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.086	2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.66	3	929
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.854	4.5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.42	3	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	10.156	3	137
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.597	3	3212

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188	132	-
R_work	0.143	2594	-
all	-	2726	-
obs	-	-	99.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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