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- PDB-3cmy: Structure of a homeodomain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cmy
タイトルStructure of a homeodomain in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DC)-3'
  • 5'-D(*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DG)-3'
  • Paired box protein Pax-3
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / DNA-BINDING PROTEIN / DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HMG box domain binding / chromatin => GO:0000785 / muscle organ development / sensory perception of sound / animal organ morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / HATs acetylate histones / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...HMG box domain binding / chromatin => GO:0000785 / muscle organ development / sensory perception of sound / animal organ morphogenesis / sequence-specific double-stranded DNA binding / nervous system development / HATs acetylate histones / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Paired box protein 7, C-terminal / Paired box protein 7 / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site ...Paired box protein 7, C-terminal / Paired box protein 7 / Paired domain / Paired DNA-binding domain / PAX family / 'Paired box' domain / Paired DNA-binding domain signature. / Paired DNA-binding domain profile. / Paired Box domain / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Paired box protein Pax-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Birrane, G. / Ladias, J.A.A. / Soni, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for DNA Recognition by the Human PAX3 Homeodomain.
著者: Birrane, G. / Soni, A. / Ladias, J.A.
履歴
登録2008年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paired box protein Pax-3
B: 5'-D(*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DC)-3'
C: 5'-D(*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1604
ポリマ－16,0983
非ポリマー621
水1,51384
1
A: Paired box protein Pax-3
B: 5'-D(*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DC)-3'
C: 5'-D(*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DG)-3'
ヘテロ分子

A: Paired box protein Pax-3
B: 5'-D(*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DC)-3'
C: 5'-D(*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3208
ポリマ－32,1966
非ポリマー1242
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.325, 62.243, 92.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
モデル数2

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要素

#1: タンパク質 Paired box protein Pax-3 / HUP2


分子量: 7540.420 Da / 分子数: 1 / 断片: HOMEODOMAIN (UNP residues 219-278) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAX3 / プラスミド: PET-6H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P23760
#2: DNA鎖 5'-D(*DAP*DCP*DAP*DTP*DAP*DAP*DP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DC)-3'


分子量: 4247.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*DTP*DGP*DTP*DAP*DAP*DTP*DCP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DTP*DG)-3'


分子量: 4309.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE DNA CAN PACK IN TWO ORIENTATIONS WHICH ARE NEARLY EQUIVALENT. ONLY 1/2 OF THE CRYSTALLIZED ...THE DNA CAN PACK IN TWO ORIENTATIONS WHICH ARE NEARLY EQUIVALENT. ONLY 1/2 OF THE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS PRESENT IN THE COORDINATES. THE SECOND PART IS RELATED BY CRYSTAL SYMMETRY. THERE IS MIXED ELECTRON DENSITY OUTSIDE THE PALINDROMIC REGION BECAUSE THE TWOFOLD CRYSTALLOGRAPHIC AXIS COINCIDES WITH THE PSEUDO-TWOFOLD AXIS OF THE DNA. THE ENTRY IS PROCESSED AS 2 MODELS CORRESPONDING TO THE 2 ORIENTATIONS OF THE DNA MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 19-22% polyethylene glycol 8000, 100 mM ammonium sulphate, 20mM magnesium chloride, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, 50 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 7.6, VAPOR ...詳細: 19-22% polyethylene glycol 8000, 100 mM ammonium sulphate, 20mM magnesium chloride, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, 50 mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1polyethylene glycol 800011
2ammonium sulphate11
3magnesium chloride11
42-methyl-2,4-pentanediol11
54-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid11
6H2O11
7polyethylene glycol 800012
8ammonium sulphate12
9magnesium chloride12
102-methyl-2,4-pentanediol12
114-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid12
12H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 9726 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 966 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IFJL

解像度: 1.95→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21266 452 4.8 %RANDOM
Rwork0.17243 ---
obs0.17422 8971 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数523 305 4 84 916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5332.411365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42731405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.854563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.23820.81137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41515101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8131513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 34 -
Rwork0.256 662 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3360.1075-0.18284.3758-0.65294.5006-0.0364-0.28780.34580.3817-0.0685-0.5096-0.34620.37160.1049-0.2181-0.0267-0.0545-0.1433-0.0226-0.06537.3679.2758.34
26.0055-0.1688-0.30378.899-0.92265.43610.0356-0.02660.2326-0.2976-0.017-0.7513-0.37720.7275-0.0186-0.1016-0.08780.01820.0074-0.01740.078513.88610.6130.895
38.4047-5.3761-5.03769.18671.65674.9928-0.02420.05620.22320.26150.05660.0968-0.263-0.0888-0.0324-0.0101-0.0072-0.0432-0.03-0.00790.02460.22710.1867.548
46.2476-1.5436-0.20463.0508-1.82639.0442-0.1101-0.3430.00790.45660.2212-0.0529-0.0607-0.1377-0.111-0.1140.0137-0.0133-0.13220.0294-0.1483-0.45-0.1511.835
59.3775-3.95163.15877.0062-3.32075.8945-0.0072-0.3744-0.39450.42230.15040.40290.4222-0.5722-0.1432-0.1246-0.0530.0053-0.1385-0.0415-0.1664-5.175-1.4359.786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3A43 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 8
5X-RAY DIFFRACTION5C8 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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