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万見
- PDB-3cm9: Solution Structure of Human SIgA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cm9
タイトルSolution Structure of Human SIgA2
要素
  • (Secretory component) x 2
  • Immunoglobulin heavy chain
  • Immunoglobulin light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Secretory IgA2 / Secretory IgA1 / IgA / mucosal immunity / X-ray and neutron scattering / constrained modelling / Glycoprotein / Immunoglobulin C region / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Secreted / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...polymeric immunoglobulin receptor activity / immunoglobulin transcytosis in epithelial cells mediated by polymeric immunoglobulin receptor / polymeric immunoglobulin binding / Fc receptor signaling pathway / secretory IgA immunoglobulin complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / azurophil granule membrane / receptor clustering / epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / receptor complex / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymeric immunoglobulin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液散乱 / シンクロトロン / CONSTRAINED SCATTERING MODELLING
データ登録者Bonner, A. / Almogren, A. / Furtado, P.B. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: The nonplanar secretory IgA2 and near planar secretory IgA1 solution structures rationalize their different mucosal immune responses.
著者: Bonner, A. / Almogren, A. / Furtado, P.B. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structure determination of monomeric human IgA2 by X-ray and neutron scattering, analytical ultracentrifugation and constrained mdoelling: a comparison with monomeric human IgA1
著者: Furtado, P.B. / Whitty, P.W. / Robertson, A. / Eaton, J.T. / Almogren, A. / Kerr, M.A. / Woof, J.M. / Perkins, S.J.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Location of secretory component on the Fc edge of dimeric IgA1 reveals insight into the role of secretory IgA1 in mucosal immunity
著者: Bonner, A. / Almogren, A. / Furtado, P.B. / Kerr, M.A. / Perkins, S.J.
履歴
登録2008年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Other
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.diffrn_id / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol ..._diffrn_radiation.diffrn_id / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_source.source
改定 1.52019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.62019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72020年4月8日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entry_details / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entry_details.sequence_details / _struct.pdbx_descriptor / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.82024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 265 EXPERIMENTAL DETAILS EXPERIMENT TYPE : X-RAY SOLUTION SCATTERING DATA ACQUISITION ... EXPERIMENTAL DETAILS EXPERIMENT TYPE : X-RAY SOLUTION SCATTERING DATA ACQUISITION RADIATION/NEUTRON SOURCE :ESRF GRENOBLE SYNCHROTRON (Y/N) :Y BEAMLINE :ID2 BEAMLINE INSTRUMENT :NULL DETECTOR TYPE :FRELON CCD CAMERA DETECTOR MANUFACTURER DETAILS :NULL TEMPERATURE (KELVIN) :288 PH :7.5 NUMBER OF TIME FRAMES USED :10 PROTEIN CONCENTRATION RANGE (MG/ML) :0.32-0.90 SAMPLE BUFFER :140 MM NACL :12.5 MM NAHPO4 :0.5 MM EDTA :0.02% NA AZIDE DATA REDUCTION SOFTWARE :MULTICCD DATA ANALYSIS SOFTWARE :SCTPL7, GNOM GUINIER MEAN RADIUS OF GYRATION (NM) :8.13 SIGMA MEAN RADIUS OF GYRATION :0.10 R(XS-1) MEAN CROSS SECTIONAL RADII (NM) :4.22 R(XS-1) SIGMA MEAN CROSS SECTIONAL RADII :0.09 R(XS-2) MEAN CROSS SECTIONAL RADII (NM) :1.93 R(XS-2) SIGMA MEAN CROSS SECTIONAL RADII :0.03 P(R) PROTEIN LENGTH (NM) :26 P(R) SIGMA PROTEIN LENGTH :1 EXPERIMENTAL DETAILS EXPERIMENT TYPE : NEUTRON SOLUTION SCATTERING DATA ACQUISITION RADIATION/NEUTRON SOURCE :ISIS RUTHERFORD- :APPLETON LAB SYNCHROTRON (Y/N) :Y BEAMLINE :LOQ BEAMLINE INSTRUMENT :NULL DETECTOR TYPE :HE-3 ORDELA :DETECTOR DETECTOR MANUFACTURER DETAILS :NULL TEMPERATURE (KELVIN) :288 PH :7.5 NUMBER OF TIME FRAMES USED :1 PROTEIN CONCENTRATION RANGE (MG/ML) :1.94 SAMPLE BUFFER :140 MM NACL :12.5 MM NAHPO4 :0.5 MM EDTA :0.02% NA AZIDE DATA REDUCTION SOFTWARE :COLETTE DATA ANALYSIS SOFTWARE :SCTPL7, GNOM GUINIER MEAN RADIUS OF GYRATION (NM) :7.57 SIGMA MEAN RADIUS OF GYRATION :NULL R(XS-1) MEAN CROSS SECTIONAL RADII (NM) :NULL R(XS-1) SIGMA MEAN CROSS SECTIONAL RADII :NULL R(XS-2) MEAN CROSS SECTIONAL RADII (NM) :NULL R(XS-2) SIGMA MEAN CROSS SECTIONAL RADII :NULL P(R) PROTEIN LENGTH (NM) :24 P(R) SIGMA PROTEIN LENGTH :1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy chain
B: Immunoglobulin heavy chain
C: Immunoglobulin heavy chain
D: Immunoglobulin heavy chain
J: Secretory component
L: Immunoglobulin light chain
M: Immunoglobulin light chain
N: Immunoglobulin light chain
O: Immunoglobulin light chain
S: Secretory component


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,76110
ポリマ－368,76110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
モデル数10
詳細Secretory IgA2 is composed of four heavy chains (A, B, C, D) and four light chains (L, M, N, O), J chain (J) and secretory component (S)

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要素

#1: 抗体
Immunoglobulin heavy chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 49922.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from human colostrum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Secretory component / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11850.517 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ig-like V-type domain 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from human colostrum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01833
#3: 抗体
Immunoglobulin light chain / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23216.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from human colostrum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 Secretory component / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 64355.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from human colostrum / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01833
配列の詳細THE PART OF A,B,C,D SEQUENCE BELONGS TO IGA VARIABLE HEAVY CHAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液散乱

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22881
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID211
SPALLATION SOURCEISISLOQ22.0-10.0
検出器
タイプID検出器日付
FRELON1CCD2001年11月1日
3-He ORDELA2AREA DETECTOR2002年7月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2TIME OF FLIGHTLAUELneutron1
1MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
221
3101
Soln scatter

Buffer name: 140 MM NACL 12.5 MM NAHPO4 0.5 MM EDTA 0.02% NA AZIDE / Data analysis software list: SCTPL7, GNOM / Protein length: 1 / Sample pH: 7.5 / Source class: Y / 温度: 288 K

タイプIDConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMax mean cross sectional radii gyration (nm)Max mean cross sectional radii gyration esd (nm)Mean guiner radius (nm)Mean guiner radius esd (nm)Min mean cross sectional radii gyration (nm)Min mean cross sectional radii gyration esd (nm)Num. of time framesSource beamlineSource type
x-ray10.32-0.90MULTICCDFRELON CCD CAMERA1.930.038.130.14.220.0910ID2ESRF GRENOBLE
neutron21.94COLETTEHE-3 ORDELA DETECTOR7.571LOQISIS RUTHERFORD- APPLETON LAB

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCTPL7モデル構築
GNOMモデル構築
Insight IIII 98モデル構築
COLETTE(ISIS)データスケーリング
SCTPL7位相決定
GNOM位相決定
精密化構造決定の手法: CONSTRAINED SCATTERING MODELLING / 詳細: THE COORDINATES CONTAIN ONLY CA ATOMS.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3395 0 0 0 3395
Soln scatter modelNum. of conformers submitted: 10 / 代表コンフォーマー: 1 / Software list: INSIGHT II, SCTPL7, GNOM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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