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万見
- PDB-3cm8: A RNA polymerase subunit structure from virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cm8
タイトルA RNA polymerase subunit structure from virus
要素
  • Polymerase acidic protein
  • peptide from RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードRNA BINDING PROTEIN/Transferase / Protein-peptide Complex / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / RNA replication / RNA-directed RNA polymerase / Transferase / RNA BINDING PROTEIN-Transferase COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.899 Å
データ登録者He, X. / Zhou, J. / Zeng, Z. / Ma, J. / Zhang, R. / Rao, Z. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the polymerase PAC-PB1N complex from an avian influenza H5N1 virus
著者: He, X. / Zhou, J. / Bartlam, M. / Zhang, R. / Ma, J. / Lou, Z. / Li, X. / Li, J. / Joachimiak, A. / Zeng, Z. / Ge, R. / Rao, Z. / Liu, Y.
履歴
登録2008年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: peptide from RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0652
ポリマ－57,0652
非ポリマー00
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-15.9 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.942, 121.942, 134.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-35-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 53870.789 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 256-716 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Environment/Hong Kong/437-6/99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EA60
#2: タンパク質・ペプチド peptide from RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 3194.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hong Kong/156/1997 H5N1 genotype Gs/Gd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WLS3, RNA-directed RNA polymerase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1M sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
2771
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9795, 0.9897
回転陽極RIGAKU FR-E+ DW21.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年12月10日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2007年11月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITEMADMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.98971
31.54181
反射解像度: 2.899→50 Å / Num. all: 23042 / Num. obs: 22964 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 4.6 / Observed criterion σ(I): 4.6 / Biso Wilson estimate: 75.44 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.899 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.899→45.184 Å / FOM work R set: 0.787 / σ(F): 1.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1176 5.12 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 22964 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.261 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 42.23 Å2 / Biso mean: 84.28 Å2 / Biso min: 166.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.402 Å2-0 Å20 Å2
2---16.402 Å2-0 Å2
3---32.804 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.899→45.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3625 0 0 49 3674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d14990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5111412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.899-3.0310.2991540.2682613276798
3.031-3.1910.2621470.22826872834100
3.191-3.3910.2421300.21627052835100
3.391-3.6530.2641510.226942845100
3.653-4.020.2221530.19227062859100
4.02-4.6010.211440.17927342878100
4.601-5.7950.2551530.20927802933100
5.795-45.190.3071440.272869301398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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