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- PDB-3cm1: Crystal structure of SsgA-like sporulation-specific cell division... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cm1
タイトルCrystal structure of SsgA-like sporulation-specific cell division protein (YP_290167.1) from Thermobifida fusca YX-ER1 at 2.60 A resolution
要素SsgA-like sporulation-specific cell division protein
キーワードCELL CYCLE / YP_290167.1 / SsgA-like sporulation-specific cell division protein / Streptomyces sporulation and cell division protein / SsgA / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of FtsZ-dependent cytokinesis / cell septum / division septum assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore
類似検索 - 分子機能
Sporulation-specific cell division protein SsgB / Sporulation-specific cell division protein SsgB / Sporulation-specific cell division protein SsgB superfamily / Streptomyces sporulation and cell division protein, SsgA / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation-specific cell division protein SsgB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Chruszcz, M. / Minor, W. / Wang, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional characterizations of SsgB, a conserved activator of developmental cell division in morphologically complex actinomycetes.
著者: Xu, Q. / Traag, B.A. / Willemse, J. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / ...著者: Xu, Q. / Traag, B.A. / Willemse, J. / McMullan, D. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Chruszcz, M. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. / Ernst, D. / Farr, C.L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, A. / Grzechnik, S.K. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Krishna, S.S. / Kumar, A. / Marciano, D. / Minor, W. / Mommaas, A.M. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Nopakun, A. / Okach, L. / Oommachen, S. / Paulsen, J. / Puckett, C. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Sefcovic, N. / Tien, H.J. / Trame, C.B. / van den Bedem, H. / Wang, S. / Weekes, D. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A. / van Wezel, G.P.
履歴
登録2008年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SsgA-like sporulation-specific cell division protein
B: SsgA-like sporulation-specific cell division protein
C: SsgA-like sporulation-specific cell division protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2483
ポリマ－46,2483
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.840, 64.840, 130.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41A
51B
61C
71A
81B
91C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILEAA7 - 408 - 41
21SERSERILEILEBB7 - 408 - 41
31SERSERILEILECC7 - 408 - 41
42VALVALILEILEAA52 - 8953 - 90
52VALVALILEILEBB52 - 8953 - 90
62VALVALILEILECC52 - 8953 - 90
73SERSERALAALAAA93 - 13494 - 135
83ARGARGALAALABB99 - 134100 - 135
93SERSERALAALACC93 - 13494 - 135

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要素

#1: タンパク質 SsgA-like sporulation-specific cell division protein


分子量: 15415.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: YX / 遺伝子: YP_290167.1, Tfu_2111 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q47N25
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: NANODROP, 40.0% 1,2-propanediol, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97929, 0.97898
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979291
30.978981
反射解像度: 2.6→46.029 Å / Num. obs: 16529 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 79.297 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 15.84
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.690.7931.859301579198.9
2.69-2.80.5542.764351683199.9
2.8-2.930.3733.964501689199.9
2.93-3.080.2445.762031625199.9
3.08-3.270.1468.661961621199.9
3.27-3.520.08213.9630316461100
3.52-3.880.04920.564931698199.8
3.88-4.430.03128.962551637199.8
4.43-5.570.0263563691683199.9
5.57-46.0290.02736.559341666196.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.029 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 29.904 / SU ML: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.513 / ESU R Free: 0.308
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 846 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 16493 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.264 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.08 Å20 Å20 Å2
2--2.08 Å20 Å2
3----4.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 0 0 2892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9524023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01234634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.675373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.73823.75128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16515425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.21759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.070.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.39631941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2033765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40853044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.44681136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.66711979
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A595TIGHT POSITIONAL0.060.05
2B595TIGHT POSITIONAL0.050.05
3C595TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A655MEDIUM POSITIONAL0.350.25
2B655MEDIUM POSITIONAL0.340.25
3C655MEDIUM POSITIONAL0.290.25
1A595TIGHT THERMAL0.090.5
2B595TIGHT THERMAL0.070.5
3C595TIGHT THERMAL0.080.5
1A655MEDIUM THERMAL0.251
2B655MEDIUM THERMAL0.231
3C655MEDIUM THERMAL0.231
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 81 -
Rwork0.383 1115 -
all-1196 -
obs--98.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3237-0.76081.45733.16210.72924.4989-0.2266-0.33630.01510.45390.0638-0.10490.1261-0.29930.1628-0.2305-0.06290.0873-0.0691-0.0743-0.159124.760220.6761-4.0513
22.20340.60550.90955.78290.2074.35040.1708-0.3358-0.48910.4645-0.04470.51380.64-0.3466-0.12610.263-0.11290.1789-0.0825-0.0230.146718.8947-2.4831-11.6394
33.06420.1860.79715.31860.06363.97220.0310.1665-0.0475-0.3227-0.11350.99230.1933-0.43030.0825-0.1477-0.10140.036-0.0849-0.07390.050112.082317.0616-23.8404
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1372 - 138
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1372 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1372 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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