PDB-3clo: Crystal structure of putative transcriptional regulator containin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3clo

タイトル

Crystal structure of putative transcriptional regulator containing a LuxR DNA binding domain (NP_811094.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.04 A resolution

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / NP_811094.1 / Putative Transcriptional Regulator Containing a LuxR DNA Binding Domain / Bacterial regulatory proteins / luxR family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative transcriptional regulator containing a LuxR DNA binding domain (NP_811094.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.04 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年3月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3clo.cif.gz	177.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3clo.ent.gz	141.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3clo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3clo_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3clo_full_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示
XML形式データ	3clo_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	3clo_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/3clo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6h9x-d 7ap1-d 6hhy-d 6hhz-d 2ra3-d 2zc4-2 4fmz-d 3aic-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 383272

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

90.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

C: Transcriptional regulator

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	233.650, 233.650, 125.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-311- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	SER	SER	A	A	0 - 76	1 - 77
2	1	GLY	GLY	SER	SER	B	B	0 - 76	1 - 77
3	1	GLY	GLY	SER	SER	C	C	0 - 76	1 - 77
4	2	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	84 - 257	85 - 258
5	2	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	84 - 257	85 - 258
6	2	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	84 - 257	85 - 258

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 30091.965 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / 遺伝子: NP_811094.1, BT_2181 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A5Q7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NANODROP, 4.3M NaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97964

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月12日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97964	1

反射

解像度: 2.04→48.45 Å / Num. obs: 82770 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.63 % / B_iso Wilson estimate: 36.169 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.04-2.11	5.66	0.998	1.83	44836	7915	100
2.11-2.2		0.751	2.4	49778	8774	100
2.2-2.3		0.574	3.2	46506	8179	100
2.3-2.42		0.438	4.1	46212	8123	100
2.42-2.57		0.304	5.7	46551	8169	100
2.57-2.77		0.206	8	47373	8308	100
2.77-3.04		0.134	11.4	45774	8048	100
3.04-3.48		0.082	17.1	46948	8341	100
3.48-4.38		0.058	22.7	46395	8359	100
4.38-48.45		0.052	24.8	46008	8555	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.04→48.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 8.039 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.131
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	4142	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.189	82770	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.98 Å²	-0.49 Å²	0 Å²
2-	-	-0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→48.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6120	0	15	494	6629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.301	1.964	8444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.891	3	10428
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.013	5	777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.327	23.946	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.476	15	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.475	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	321
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.169	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.264	3	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.686	3	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.503	5	6227
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.556	8	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.759	11	2213

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1471	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
2	B	1471	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
3	C	1471	MEDIUM POSITIONAL	0.5	0.5
1	A	1766	LOOSE POSITIONAL	0.71	5
2	B	1766	LOOSE POSITIONAL	0.46	5
3	C	1766	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
1	A	1471	MEDIUM THERMAL	1.34	2
2	B	1471	MEDIUM THERMAL	1.13	2
3	C	1471	MEDIUM THERMAL	1.84	2
1	A	1766	LOOSE THERMAL	2.8	10
2	B	1766	LOOSE THERMAL	2.3	10
3	C	1766	LOOSE THERMAL	3.37	10

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	312	-
R_work	0.308	5750	-
all	-	6062	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8837	-0.3258	-0.2197	1.403	0.4084	0.8337	0.0525	0.2317	0.0346	-0.0144	-0.1117	0.2485	0.0007	-0.0224	0.0593	-0.0828	0.0577	-0.0339	-0.0678	-0.0048	-0.0518	10.8389	48.3521	32.0392
2	3.6158	-0.4994	-2.5858	0.4125	0.5779	2.4676	-0.1704	0.0549	-0.4058	0.129	0.105	-0.008	0.1209	-0.0873	0.0655	-0.0573	0.0056	0.0762	-0.1253	-0.0133	-0.0336	-15.558	41.19	44.0054
3	2.1145	-0.4595	-0.3681	2.0836	0.3583	0.96	0.09	0.3492	0.0328	-0.1545	-0.0779	-0.3505	0.0202	0.2592	-0.0121	-0.0781	0.0999	-0.0077	0.0415	-0.0072	-0.0025	34.029	38.3235	24.5075
4	4.3335	-4.6737	1.2158	5.3108	-0.8145	1.2546	0.1722	0.3274	0.0393	-0.2547	-0.1943	0.1641	0.1223	0.1168	0.0221	-0.0541	0.1384	-0.0398	0.0158	-0.0242	-0.0949	54.7116	18.4818	32.7081
5	1.1724	-0.1992	-0.0424	0.8541	-0.106	1.9588	-0.1186	0.0632	-0.183	0.0792	-0.0398	-0.144	0.2506	0.2903	0.1584	-0.0695	0.0263	-0.0113	-0.0627	0.0393	-0.046	-23.9049	67.5054	19.0609
6	11.1447	1.1428	-2.8378	1.6005	-1.6312	2.3478	-0.2418	-0.5023	-0.3452	0.0754	-0.2485	-0.5553	-0.0383	0.5642	0.4903	-0.1168	-0.0328	0.0065	0.0905	0.1975	0.1599	4.341	72.6184	10.2427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 197	1 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	198 - 257	199 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	0 - 197	1 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	198 - 257	199 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	0 - 197	1 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	198 - 257	199 - 258

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)