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- PDB-3clc: Crystal Structure of the Restriction-Modification Controller Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3clc
タイトルCrystal Structure of the Restriction-Modification Controller Protein C.Esp1396I Tetramer in Complex with its Natural 35 Base-Pair Operator
要素
  • (35-MER) x 2
  • Regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / protein-DNA complex / transcriptional regulator / helix-turn-helix / DNA-bending / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B. / Kneale, G.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes.
著者: McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B. / Kneale, G.G.
履歴
登録2008年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: Regulatory protein
D: Regulatory protein
E: 35-MER
F: 35-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6648
ポリマ－59,6166
非ポリマー492
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13080 Å2
ΔGint-75.9 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.480, 104.480, 139.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C
13E
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYSAA2 - 775 - 80
21GLUGLULYSLYSDD2 - 775 - 80
12GLUGLULYSLYSBB2 - 775 - 80
22GLUGLULYSLYSCC2 - 775 - 80
13DADADTDTEE1 - 351 - 35
23DADADTDTFF1 - 351 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological unit is the same as the asymmetric unit. There are two orientations of the nucleoprotein complex in the crystal related by a 2-fold axis parallel to the crystallographic b-axis

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein


分子量: 9521.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterobacter sp. (バクテリア) / 株: RFL1396 / 遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q8GGH0
#2: DNA鎖 35-MER


分子量: 10791.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA
#3: DNA鎖 35-MER


分子量: 10738.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50 mM MES, 40 mM MgCl2, 25% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2MgCl211
3MPD11
4H2O11
5MES12
6MgCl212
7MPD12
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9322 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 21194 / Num. obs: 21198 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 63.204 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 33.66
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.8-2.90.3934.813072210398.5
2.9-30.2756.911543182399.9
3-40.07422.762794992699.9
4-50.0285622064353399.9
5-60.02860.49658157499.9
6-80.021697590124599.5
8-100.01289.8279645199.8
10-150.01290.3182731994.7
150.013913657149

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å29.63 Å
Translation3.2 Å29.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 28.854 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1086 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 21157 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 1429 2 4 3931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3282.4245853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5565307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06524.314102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.80515569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.411516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2950.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3380.22717
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0340.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1171.51569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.68922488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15933355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3884.53365
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A631TIGHT POSITIONAL0.10.05
1A631TIGHT THERMAL0.090.5
2B612TIGHT POSITIONAL0.070.05
2B612TIGHT THERMAL0.090.5
3E407TIGHT POSITIONAL0.050.05
3E407TIGHT THERMAL0.170.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 80 -
Rwork0.365 1451 -
all-1531 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.9884-1.2002-4.63883.90051.72938.6104-0.4424-0.04390.2709-0.35560.4805-1.0489-0.06520.3086-0.0381-0.77470.13590.0063-0.3736-0.1625-0.601388.2-23.08-17.35
214.15631.5203-3.15166.44670.20446.6921-0.0758-0.46160.08240.4230.51130.74980.2764-0.1314-0.4355-0.82820.1164-0.0025-0.50980.0106-0.732670.11-23.24-6.65
313.3995-1.9818-2.83527.0366-0.41877.6958-0.04330.46480.0481-0.37610.4001-0.78620.21680.1313-0.3568-0.8544-0.11480.0059-0.572-0.0037-0.743634.48-23.17-15.85
48.93791.4168-3.97584.2048-1.57387.83-0.34110.10280.19030.39240.45420.9762-0.1293-0.2138-0.1131-0.7818-0.10210.0095-0.41420.146-0.619516.31-23.12-5.24
519.5205-0.8443-6.73360.91510.50732.8939-0.02260.1818-1.05920.04270.12050.02860.3429-0.1536-0.0979-0.5913-0.0089-0.1301-0.47440.0163-0.617452.28-27.19-10.95
618.69081.1349-6.04651.1808-0.63322.446-0.0076-0.1834-1.1598-0.0440.0673-0.04120.30740.228-0.0597-0.64110.0341-0.1705-0.4333-0.0122-0.649452.24-27.18-11.64
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 775 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 775 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 775 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 775 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 351 - 35
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 351 - 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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