PDB-3cko: Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cko

タイトル

Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 / Rigid body refinement / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Marland, Z. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a UDP-glucose-specific glycosyltransferase from a Mycobacterium species.
著者: Fulton, Z. / McAlister, A. / Wilce, M.C. / Brammananth, R. / Zaker-Tabrizi, L. / Perugini, M.A. / Bottomley, S.P. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2008年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cko.cif.gz	70.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cko.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cko_validation.pdf.gz	824.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cko_full_validation.pdf.gz	828.1 KB	表示
XML形式データ	3cko_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3cko_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3cko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ckjC 3cknC 3ckqC 3ckvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ckv-1 3h2m-1 3qvm-d 4nir-1 3ckn-1 4nl1-1 4dec-1 3tyc-1 3a2m-d 4y7f-1 3tya-1 117e-d 3h22-1 3h2o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.823, 86.823, 103.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 34827.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア) 株: K-10 / 参照: UniProt: Q73WU1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1 M Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 mM Manganese chloride, 1 mM Sodium thiosulphate, 100 mM uridine-5 -diphosphate-glucose , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→33.3 Å / Num. all: 14197 / Num. obs: 13439 / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	最高解像度: 2.5 Å / R_sym value: 0.515

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 2.5→33.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 17.483 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.428 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23035	711	5 %	RANDOM
R_work	0.21992	-	-	-
obs	0.22044	13439	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2250	0	38	24	2312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	2382
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.887	2.005	3273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.788	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.539	22.609	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.04	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.153	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.15	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.079	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.109	1.5	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.198	2	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.197	3	926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.349	4.5	801
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	52	-
R_work	0.345	943	-
obs	-	-	96.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9824	-0.3364	0.309	3.6558	2.5075	1.7787	-0.644	-0.9668	-0.5029	1.4692	0.8691	-0.4467	1.9828	1.1575	-0.2251	1.6005	0.4498	0.0622	0.6435	0.276	0.4904	24.8057	11.1862	29.7548
2	5.9402	-2.1493	1.4075	5.1743	-0.0742	6.4304	-0.5901	-0.665	-0.4084	1.2882	0.1226	1.0455	1.0679	-0.6421	0.4675	0.7725	-0.1002	0.4118	0.3321	0.0774	0.4901	6.917	22.8112	28.4568
3	2.2221	-0.1568	-2.153	4.7474	-0.1193	4.5012	-0.1987	-0.3054	-0.0724	0.7723	-0.0158	1.1769	0.1455	-1.1	0.2146	0.4074	-0.0576	0.2251	0.39	-0.0494	0.5626	2.608	33.2881	22.8871
4	3.2926	-1.2159	-0.9488	5.1761	0.1503	4.1489	-0.3462	-0.5844	-0.4209	0.9919	0.1991	0.4455	1.0332	0.1074	0.1471	0.7203	0.041	0.136	0.2524	0.0607	0.3133	15.8128	22.2765	24.5502
5	2.0131	-0.9435	-1.6403	3.1068	1.5643	5.3499	-0.1839	-0.3268	-0.0713	0.6277	0.2077	0.107	0.5398	0.3592	-0.0239	0.368	0.0285	-0.0571	0.1949	0.01	0.3297	23.0109	24.7896	13.7607
6	8.8894	3.3876	-4.2372	8.4869	-1.6122	4.9149	-0.2914	-0.706	-0.0133	1.2075	0.27	-0.4877	0.9888	1.2994	0.0214	0.6252	0.2182	-0.1482	0.3925	0.0282	0.2095	28.1526	22.4251	21.5605
7	0.8083	0.216	-2.1261	0.0577	-0.5681	5.5926	-0.1929	0.212	-0.4606	0.5269	-0.231	0.5408	0.9608	-0.3373	0.4239	0.8502	-0.115	0.0692	0.6431	0.0397	0.888	8.1362	15.4587	11.1623
8	3.4	-3.1275	3.2248	9.4162	1.1748	5.6809	0.0617	-0.5289	-0.2603	0.2897	-0.2382	0.7226	0.1633	-0.7732	0.1764	0.2481	-0.0267	-0.0065	0.2367	-0.0115	0.4178	14.3845	26.108	3.0386
9	4.6886	0.0996	1.535	2.797	1.3378	6.494	0.1657	0.4575	-0.2398	-0.1608	-0.129	0.3061	-0.1832	-0.4443	-0.0367	0.2317	0.0409	-0.0651	0.2768	-0.0209	0.417	13.9322	29.2745	-3.8754
10	8.6372	-1.3415	3.5127	5.4573	0.5575	4.7708	-0.1635	-1.0575	0.4642	0.7205	0.1589	-0.0193	-0.4866	0.0456	0.0046	0.5151	-0.0313	0.0138	0.1676	-0.1145	0.4419	18.5467	41.8752	21.4916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 45	15 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	46 - 78	46 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	79 - 117	79 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	118 - 173	118 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	189 - 245	189 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	246 - 258	246 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	259 - 269	259 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	270 - 278	270 - 278
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	279 - 317	279 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	318 - 329	318 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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