PDB-3ckn: Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ckn

タイトル

Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Marland, Z. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a UDP-glucose-specific glycosyltransferase from a Mycobacterium species.
著者: Fulton, Z. / McAlister, A. / Wilce, M.C. / Brammananth, R. / Zaker-Tabrizi, L. / Perugini, M.A. / Bottomley, S.P. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2008年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ckn.cif.gz	72.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ckn.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ckn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ckn_validation.pdf.gz	861.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ckn_full_validation.pdf.gz	864.5 KB	表示
XML形式データ	3ckn_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	3ckn_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ckjC 3ckoC 3ckqC 3ckvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cko-1 4nl1-1 3ckj-1 4y9x-1 5juc-1 5dmn-d 4y6u-1 6y9k-1 3ckv-1 6shs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (4) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.862, 86.862, 104.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 34827.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア) 株: K-10 / 参照: UniProt: Q73WU1
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 M Ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 mM Manganese chloride, 1 mM Sodium thiosulphate, 100 mM uridine-5 -diphosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0053 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0053 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 20557 / Num. obs: 19867 / 冗長度: 9.7 % / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	最高解像度: 2.2 Å / R_sym value: 0.554

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.211 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23243	667	3.2 %	RANDOM
R_work	0.20569	-	-	-
obs	0.20657	19867	98.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.916 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2231	0	31	36	2298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2339
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	2.005	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.217	5	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.961	22.874	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.321	15	350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.251	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.459	1.5	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.767	2	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.115	3	892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.843	4.5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	54	-
R_work	0.25	1445	-
obs	-	-	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2726	4.1089	6.0717	5.1588	7.6232	11.2647	-1.0693	0.0272	-0.3562	2.2389	1.7072	-0.9217	1.983	2.5803	-0.6379	1.4838	0.6154	0.1685	0.0016	0.4476	0.6307	26.6767	7.3714	22.6807
2	1.7646	-2.4687	2.8659	3.4537	-4.0094	4.6546	-0.7506	-2.2656	-0.4942	2.1393	1.5726	-0.8375	1.4751	2.1726	-0.8221	1.5868	0.3994	0.3167	0.5623	0.3111	0.4074	23.4874	14.1886	34.8279
3	1.9676	-1.353	-1.2864	5.0426	0.5362	3.7717	-0.4398	-0.485	-0.2947	1.3704	0.1386	1.3522	0.5944	-0.5206	0.3012	0.6203	-0.053	0.4261	0.1764	0.0113	0.5025	7.0816	26.6604	25.1732
4	2.429	-0.7652	-1.8254	4.5991	-0.399	7.2972	-0.4089	-0.5716	-0.5388	1.3705	0.2768	0.3554	1.312	0.5152	0.1321	0.7778	0.1716	0.132	0.1846	0.1087	0.3592	21.3758	16.5832	20.2926
5	2.1772	-0.9736	-1.2097	3.5768	1.4513	4.2101	-0.2529	-0.4434	-0.0854	0.783	0.1904	0.111	0.49	0.4311	0.0624	0.3614	0.0404	-0.0129	0.1265	0.0131	0.2357	23.437	25.031	14.7774
6	10.0203	4.1263	-3.3336	8.097	-0.7586	5.4768	-0.4111	-0.7592	-0.2336	1.4474	0.3418	-0.2714	0.7321	1.2713	0.0693	0.697	0.2668	-0.1037	0.2728	0.0645	0.1723	28.1132	21.0031	21.3164
7	4.8806	-5.7942	17.0818	6.8788	-20.2794	59.7856	0.2667	0.5686	-1.2682	0.5387	0.1468	1.8806	1.509	-1.0818	-0.4135	0.6594	-0.3157	0.2242	0.1885	0.1076	0.9087	8.2528	14.9474	11.0828
8	4.2271	-0.6117	0.9444	3.673	1.0486	5.4278	0.1154	0.2784	-0.2385	-0.0624	-0.1721	0.445	0.0826	-0.3489	0.0568	0.1695	0.0043	-0.035	0.1506	-0.0446	0.329	15.0947	27.6213	-1.7761
9	6.6031	3.9078	6.4325	5.5132	5.8294	9.3635	0.1512	0.2663	0.0188	-0.1112	-0.3102	0.6745	-0.3618	-0.5749	0.159	0.1723	0.0365	-0.103	0.2767	-0.0812	0.4269	8.8736	30.6916	-3.8491
10	7.4419	-1.2148	-0.2393	8.3229	1.3737	9.6637	-0.1065	-0.9705	0.406	1.2699	0.2274	0.0089	-0.3892	0.4691	-0.1209	0.5268	-0.0298	0.0411	0.1749	-0.1156	0.3612	18.9761	41.2228	21.7786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 27	15 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	28 - 48	28 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	49 - 154	49 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	155 - 193	155 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	194 - 245	194 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	246 - 258	246 - 258
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	259 - 269	259 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	270 - 307	270 - 307
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	308 - 317	308 - 317
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	318 - 329	318 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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